在综合工时制下，国家法定节假日工作算加班，用人单位需依法支付加班工资。以下是对此问题的详细分析：

一、综合工时制的特点

综合工时制是一种特殊的工时制度，它适用于因工作性质特殊或受季节及自然条件限制，需在一段时间内连续作业的情况。该制度采用以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的方式，但其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。这意味着，在综合计算周期内，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时（或40小时），但综合计算周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间。

二、法定节假日在综合工时制中的地位

法定节假日是独立于综合计算工时周期之外进行考量的。在计算综合工时制的总工作时间时，不能将法定节假日的工作时间纳入其中进行调休或平均。这是因为法定节假日是国家法律明确规定的劳动者休息时间，具有不可替代性。因此，无论劳动者在综合计算周期内的总工作时间是否超过法定标准，只要用人单位在法定节假日安排劳动者工作，就属于加班情形。

三、法定节假日加班的法律规定

根据我国《劳动法》第四十四条的规定，用人单位在法定休假日安排劳动者工作的，应当支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。这一规定具有普遍性，适用于所有工时制度，包括综合计算工时制。因此，在综合工时制下，法定节假日工作确实算作加班，用人单位需按照不低于劳动者本人日或小时工资的300%支付加班工资。

四、加班工资的计算与支付

1. 计算基数：加班工资的计算基数为劳动者本人小时工资。小时工资的计算方式为月工资收入除以月计薪天数（通常为21.75天）再除以8小时。
2. 支付标准：法定节假日加班，用人单位需按照不低于劳动者本人日或小时工资的300%支付加班工资。
3. 调休与加班费的选择：根据相关规定，休息日加班可以通过调休来补偿，而法定节假日加班则必须支付加班费，不能通过调休来替代。

五、劳动者权益保护

1. 拒绝加班权：劳动者有权拒绝用人单位在法定节假日的加班要求，除非有特殊情况，如涉及公共利益、抢险救灾等紧急情况。
2. 监督检查权：劳动行政部门有权对用人单位在法定节假日加班及加班工资支付等情况进行监督检查，以确保劳动者的合法权益得到保障。

六、实例说明

以某企业实行以季为周期的综合计算工时制为例，如果在一个季度内，总法定标准工作时间为40小时/周×13周=520小时。在这个季度中，若包含了若干个法定节假日，且劳动者在这些节假日上班，即使该季度总的工作时间未超过520小时，法定节假日工作的这部分时间也应认定为加班，用人单位应按照不低于工资的百分之三百支付加班工资。

总结与建议：

在综合工时制下，法定节假日工作确实算作加班，用人单位应依法支付加班工资。作为劳动者，应了解自己的权益，并在必要时维护自己的合法权益。如果用人单位未依法支付加班工资，劳动者可以向劳动行政部门投诉或寻求法律援助。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。