行政机关违反前置审批程序时，法院的判决需根据具体违法情形及法律后果分情况处理，具体如下：

1. 程序违法但未影响实体权利的，判决确认违法但不撤销行政行为
   若行政机关未履行前置审批程序（如未取得规划许可即实施建设行为审批），但该程序瑕疵未对当事人实体权利造成实质影响（如审批实质内容合法），法院可能依据《行政诉讼法》第七十四条，判决确认行政行为程序违法，但不予撤销。此情形下，行政行为仍有效，但行政机关需承担程序违法的法律责任。

2. 程序违法且影响实体权利的，判决撤销或部分撤销行政行为
   若前置审批是行政行为的法定要件（如未取得环保审批即发放生产许可），且该程序缺失直接导致行政行为实体内容违法（如许可范围超出规划），法院将依据《行政诉讼法》第七十条，判决撤销行政行为或部分撤销（如调整许可范围）。此时，行政机关需重新履行审批程序后重新作出行政行为。

3. 程序违法导致行政行为无效的，判决确认无效
   若前置审批的缺失使行政行为自始不具备法律效力（如未取得土地审批即实施征地），且该情形属于《行政诉讼法》第七十五条规定的“重大且明显违法”，法院将判决确认行政行为无效。无效行政行为自始无效，行政机关需承担返还财产、赔偿损失等责任。

4. 程序违法但可通过补正消除的，判决责令限期补正
   若前置审批程序可通过事后补正消除违法状态（如未提交某项非核心审批材料），法院可能依据《行政诉讼法》第七十七条，判决责令行政机关限期补正程序。逾期未补正的，可能进一步判决撤销行政行为。

实务建议：

• 对行政相对人而言，若认为行政机关违反前置审批程序，需在起诉时明确主张程序违法事实，并提交证据证明程序缺失与行政行为合法性的关联性。
  
• 对行政机关而言，应严格遵循“法定程序必须遵循”原则，前置审批缺失可能导致行政行为被撤销或确认违法，甚至引发国家赔偿责任。
  

如有具体案件需分析，可直接向我提供行政行为类型、前置审批要求及违法事实等细节，我将进一步结合法律条文与司法实践给出判断。