针对您提出的“火车退票手续费扣费是否合法”的问题，我们可以从法律角度和实际操作层面进行详细分析。

首先，从法律层面来看，火车退票手续费的收取是有明确法律依据的。根据《中华人民共和国铁路法》第二十五条，铁路的旅客票价率和货物、行李的运价率实行政府指导价或者政府定价，而铁路旅客运输杂费的收费项目和收费标准，包括退票费，是由铁路运输企业自主制定，但需在政府指导价或定价的框架内进行。此外，《铁路旅客运输规程》第四十五条和第四十八条也明确规定了退票时需核收退票费的相关条款。

在实际操作中，铁路部门收取退票费是基于运输合同的解除而产生的费用。旅客购票后，即与铁路部门形成了运输合同关系。若旅客因自身原因需要退票，这实际上是在单方面解除运输合同。根据《民法典》的相关规定，合同解除后，尚未履行的部分应终止履行，而已经履行的部分，根据履行情况和合同性质，当事人可以请求恢复原状或者采取其他补救措施，并有权请求赔偿损失。因此，铁路部门收取退票费，可以视为是对旅客单方面解除合同所造成损失的一种补偿。

至于您提到的另一观点，即铁路部门收取退票费不合法，主要基于《价格法》、《消费者权益保护法》、《民法通则》和《合同法》的相关规定。然而，这些法律在制定时，也考虑到了铁路运输的特殊性和公益性，以及政府指导价和定价的框架。在实际操作中，铁路部门收取退票费的标准和程序，都是经过相关部门审批和公示的，符合法律法规的要求。

综上所述，火车退票手续费的扣费是合法的。它基于运输合同的解除而产生的费用补偿，有明确的法律依据和实际操作程序。当然，作为旅客，在购票前应主动了解相关规定，包括退票费的标准和程序，以便在需要退票时能够做出合理的决策。希望这个解答能够对您有所帮助。