关于农村自建房审批人与出资人不一致时，法院如何判决的问题，这并非一个简单的是非题，而是需要依据具体情况和法律规定来综合判断。以下是我从不同角度为您进行的分析：
一、审批人与出资人的法律关系
首先，我们需要明确审批人和出资人在农村自建房中的法律地位。审批人通常是基于相关法律法规和政策，对自建房进行合法性审查并批准建设的主体，其审批行为主要关注的是房屋建设的合法性和合规性。而出资人则是实际提供资金用于房屋建设的主体，其出资行为主要关注的是房屋建设的经济投入。
二、协议的法律效力
您提到哥哥和弟弟之间有协议，这是判断房屋归属的重要依据。如果这份协议是双方真实意思表示，且不违反法律法规的强制性规定，那么它应当具有法律效力。协议中可能会明确房屋的所有权归属、使用方式、收益分配等关键条款，这些条款将成为法院判决时的重要参考。
三、法院判决的可能情况
协议明确且合法有效：
- 如果协议中明确约定了房屋的所有权归属，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么法院很可能会依据协议内容判决房屋归属。例如，如果协议约定房屋归哥哥所有，那么即使弟弟是审批人，法院也可能判决房屋归哥哥。
协议存在争议或无效：
- 如果协议存在争议，如一方主张协议是在胁迫或欺诈的情况下签订的，或者协议内容违反了法律法规的强制性规定，那么法院可能会对协议的效力进行审查。在这种情况下，法院可能会依据其他证据和法律规定来判断房屋的归属。
- 例如，如果协议被认定为无效，那么法院可能会考虑出资情况、实际使用情况、审批情况等因素来综合判断房屋的归属。
无协议或协议不明确：
- 如果哥哥和弟弟之间没有签订协议，或者协议内容不明确，那么法院可能会依据出资情况、审批情况、实际使用情况等因素来综合判断房屋的归属。在这种情况下，出资情况可能会成为法院考虑的重要因素之一。
- 例如，如果哥哥是实际出资人，且能够提供充分的出资证据，而弟弟只是审批人并未实际出资，那么法院可能会倾向于判决房屋归哥哥所有。
四、法律建议
收集并保留证据：
- 无论是审批文件、出资凭证还是协议文本，都是判断房屋归属的重要证据。因此，建议您和弟弟都妥善收集并保留这些证据。
协商解决：
- 在诉讼之前，您可以尝试与弟弟进行协商，看是否能够达成一致意见。如果能够协商解决，那么将可以避免诉讼带来的时间和精力消耗。
寻求法律帮助：
- 如果协商无果，或者您对法律程序不熟悉，那么建议您寻求专业的法律帮助。作为一名专业律师，我可以为您提供法律咨询和诉讼代理服务，帮助您维护自己的合法权益。
最后需要强调的是，每个案件的具体情况都是不同的，法院的判决也会因案件的具体情况而有所不同。因此，在处理类似纠纷时，建议您根据具体情况咨询专业律师，以便得到更准确、更全面的法律建议。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。