结论：父母出资农村自建房，即便房产证上只能写一个兄弟名字，也可通过签订书面协议来明确共同产权，以下为你详细介绍协议要点及注意事项。

协议要点

1. 明确出资情况 在协议中要详细记录父母的出资方式（是一次性出资还是分期出资）、出资金额、出资时间等具体信息。例如，父母于[具体日期]以银行转账的方式出资[X]元用于购买建房所需的建筑材料。同时，要说明该出资的性质，是借款给兄弟用于建房，还是作为对房屋的共同投资。如果是共同投资，要明确各方的投资比例，比如父母出资占[X]%，两个兄弟各出资占[X]%。
2. 确定产权归属 清晰约定房屋为兄弟共同共有或者按份共有。若选择共同共有，则兄弟对房屋不分份额地共同享有所有权；若选择按份共有，需明确各自所占的份额，如兄弟两人各占 50%的份额。另外，要说明即便房产证上只登记了一个兄弟的名字，但该房屋的实际产权归属为协议约定的共同产权状态。
3. 规定使用和管理 约定房屋的使用方式，比如是用于自住、出租还是其他用途。如果用于出租，要明确租金的分配方式。同时，规定房屋的管理责任，例如日常的维护、修缮费用由谁承担，以及重大维修决策如何作出等。例如，房屋的日常小修小补费用由居住的兄弟承担，重大维修项目（如更换屋顶）需兄弟共同协商决定，费用按照产权份额分担。
4. 明确处分规则 对于房屋的转让、抵押等处分行为，要设定严格的规则。比如，任何一方未经其他共有人书面同意，不得擅自转让或抵押房屋。若一方需要转让其份额，其他共有人在同等条件下享有优先购买权。
5. 约定违约责任 在协议中明确如果一方违反协议约定，应承担的违约责任。违约责任可以包括赔偿损失、支付违约金等。例如，若一方未经同意擅自处分房屋，需向其他共有人支付房屋市场价值[X]%的违约金，并赔偿因此造成的全部损失。

注意事项

1. 书面形式 协议必须采用书面形式，口头协议在发生纠纷时难以举证，不利于维护各方权益。书面协议要由各方签字（或盖章），并注明签订日期。
2. 公证或见证 为了增强协议的证明力和执行力，可以考虑对协议进行公证或者邀请无利害关系的第三方见证。公证机构可以对协议的真实性、合法性进行审查，并出具公证书；第三方见证人可以在协议上签字确认，证明协议签订过程的真实性。
3. 保留相关证据 除了协议本身，还要保留好与房屋建设、出资等相关的所有证据，如父母的出资凭证（银行转账记录、收据等）、建房的合同、购买材料的发票等。这些证据在日后可能发生的纠纷中可以起到重要的证明作用。
4. 及时办理产权变更登记（如有可能） 如果后续政策允许或者有条件办理房产证的变更登记，应及时将其他共有人的名字添加到房产证上，使产权登记与实际产权状况一致。

如果在协议签订过程中遇到任何疑问或者需要进一步的法律指导，都可以直接向我咨询。