公司给员工发放的奖金被店长扣了一部分，这一行为是否正确，不能一概而论，需要分情况讨论：
如果奖金属于员工应得的劳动报酬，且公司规章制度或劳动合同中未明确店长有扣减奖金的权力：
- 在这种情况下，店长扣减员工奖金的行为很可能是不合法的。根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，员工有权获得与其劳动相对应的报酬，包括基本工资和奖金等。如果店长无正当理由扣减员工奖金，员工有权向公司提出异议，并要求公司补发被扣减的奖金。如果公司不予处理或处理不当，员工还可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
如果公司规章制度或劳动合同中明确规定了店长在特定情况下有权扣减员工奖金：
- 在这种情况下，店长扣减员工奖金的行为可能是合法的，但前提是这些规定不违反法律法规的强制性规定，且店长扣减奖金的原因必须符合规章制度或劳动合同中的约定。例如，如果员工因严重违反公司规章制度或给公司造成重大损失，公司规章制度中明确规定了可以扣减奖金作为处罚，那么店长在符合这些条件的情况下扣减员工奖金，可能是合法的。但即便如此，店长也应当确保扣减的金额和方式合理，且已经向员工充分说明扣减的原因和依据。
如果奖金属于公司对员工的额外奖励，且公司未明确规定店长有扣减权力：
- 在这种情况下，店长扣减员工奖金的行为同样可能是不合法的。因为额外奖励是公司对员工的一种激励措施，其发放与否以及发放金额通常应当由公司根据员工的绩效、贡献等因素综合决定，而不是由店长单方面决定。如果店长未经公司授权或违反公司规定扣减员工奖金，员工同样有权向公司提出异议，并要求公司补发被扣减的奖金。
法律建议：
- 如果您遇到店长扣减奖金的情况，首先应当查看公司规章制度和劳动合同中关于奖金发放和扣减的相关规定，以确定店长是否有权扣减您的奖金。
- 如果店长扣减奖金的行为没有合法依据或违反了公司规定，您可以向公司人力资源部门或上级领导反映情况，要求公司进行调查并处理。
- 如果公司不予处理或处理不当，您可以向当地劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
可能法律后果：
- 如果店长扣减奖金的行为被认定为违法或违反公司规定，公司可能需要补发被扣减的奖金，并可能对店长进行相应的处罚。
- 如果员工因此提起劳动仲裁或诉讼，且仲裁或诉讼结果支持员工的诉求，公司还可能需要承担额外的法律责任和费用。
总之，店长扣减员工奖金的行为是否正确，需要根据具体情况进行判断。如果您对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。