迟到要扣全勤是否合理，主要取决于劳动合同、员工手册或公司规章制度中的具体约定，以及这些约定的合理性和合法性。以下是对此问题的详细分析：
一、合同与制度约定
有明确约定：
- 如果员工与用人单位在劳动合同、员工手册或其他书面文件中明确规定了迟到属于影响全勤的情形，且全勤奖的发放条件包含全月无迟到等要求，那么该约定在不违反法律法规强制性规定的前提下是有效的。例如，员工手册中明确规定“当月出现任何迟到、早退、旷工情况的，不发放全勤奖”，此时用人单位扣除全勤奖具有明确依据。
约定不明确：
- 若合同等文件对全勤奖的定义、发放条件，特别是迟到与全勤奖的关系没有清晰界定，用人单位则不能随意以迟到为由扣除全勤奖。例如，仅简单提及全勤奖而未说明迟到对其的影响，这种情况下扣除全勤奖缺乏足够依据，员工有权提出质疑。
二、合理性与合法性考量
合理性：
- 公司在设置全勤奖及相应的扣除规则时，应确保其合理性和公平性。例如，全勤奖的金额不应过高，占工资的比例应适中，避免因一次迟到就导致员工工资收入大幅减少。
- 同时，公司应设置合理的迟到次数和时长限制，以及相应的处罚措施，并确保这些规定得到员工的理解和接受。过于苛刻的规定，如规定早上9点上班，9点01分就算迟到且扣除全勤奖，可能因缺乏合理性而不被法律支持。
合法性：
- 法律层面上并未对全勤奖作出强制性要求，它属于用人单位自主管理和薪酬福利分配的范畴。但用人单位在制定和执行全勤奖制度时，必须遵循公平合理、诚实信用原则，确保制度的公正性和合理性。
- 规章制度的内容不得违反法律法规的强制性规定，如最低工资标准、加班费等，否则即使规章制度中有相关规定，也可能因违法而无效。
三、员工权益保护
- 如果员工认为用人单位扣除全勤奖的做法不合理或不合法，首先应与用人单位进行沟通协商，要求其说明扣奖依据。
- 若协商不成，员工可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
四、实践建议
- 公司角度：公司在制定或修改规章制度时，应确保遵循民主程序和公示要求，并充分考虑员工的意见和建议。劳动合同中应明确约定与考勤管理相关的条款，以确保双方权益的明确性。同时，公司在执行规章制度时，应确保其公平性和合理性，避免因过度惩罚而导致员工的不满和纠纷。
- 员工角度：员工在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于全勤奖和考勤管理的部分。如果对合同内容有疑问或不满，应及时与用人单位沟通并寻求解决方案。在面临扣奖情况时，员工也应积极了解自己的权益并采取相应措施进行维权。
综上所述，迟到要扣全勤是否合理，需要综合考虑劳动合同、员工手册或公司规章制度中的具体约定，以及这些约定的合理性和合法性。如果您对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。