虚开发票4万用于学校开支，并且钱已退回纪检委，最严重的处罚可能涉及刑事责任，具体分析如下：
一、虚开发票的刑事责任
根据《中华人民共和国刑法》第二百零五条之一的规定，虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票，情节严重的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处二万元以上二十万元以下罚金。虽然您提到的是“虚开发票”而非特指“增值税专用发票”或“用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票”，但虚开发票行为在广义上同样可能触犯刑法，尤其是当虚开行为达到一定数额或情节严重时。不过，更具体地，若虚开的是普通发票，且情节严重，也可能依据《中华人民共和国刑法》第二百零五条之一的规定（该条款在修正后也涵盖了虚开普通发票的情形，具体需结合最新司法解释及地方实施细则判断）被追究刑事责任，不过实践中对于普通发票的虚开，刑事立案标准通常较高，且需结合具体情节。但为全面分析，我们仍需考虑最严重的法律后果。
在您的情况下，虽然钱已经退回纪检委，但这并不免除可能存在的刑事责任。退回款项可能作为量刑时的一个考虑因素，比如表明悔罪态度，但并不能直接消除刑事责任。
二、行政处罚与刑事处罚的区分
行政处罚：对于虚开发票行为，税务机关首先会进行行政处罚，如罚款、没收违法所得等。但行政处罚并不替代刑事处罚，如果行为构成犯罪，仍需追究刑事责任。
刑事处罚：如前所述，如果虚开发票行为情节严重，可能构成犯罪，需要承担刑事责任。刑事处罚的严重性远高于行政处罚，包括可能的监禁和罚金。
三、具体情节对处罚的影响
数额大小：虚开发票的数额是判断情节是否严重的重要因素。4万元的数额，虽然不算特别巨大，但如果结合其他情节（如多次虚开、造成严重后果等），仍可能被视为情节严重。
用途与后果：您提到发票是用于学校开支，且钱已退回纪检委。这些情节可能在量刑时被考虑，表明您并非出于非法占有目的，且有一定的悔罪表现。然而，这并不足以完全免除刑事责任，但可能影响最终的刑罚轻重。
主观故意：虚开发票行为是否出于故意也是判断情节的重要因素。如果能够证明您并非故意虚开，或者存在被误导、胁迫等情形，可能对量刑产生积极影响。
四、建议与后续行动
积极配合调查：如果此事已经引起相关部门（如税务机关、公安机关）的注意，建议您积极配合调查，如实陈述事实，提供相关证据。
寻求法律帮助：鉴于此类问题的复杂性，建议您尽快咨询专业律师（如我，王志伟律师，专注于经济纠纷、合同纠纷领域），以便更准确地评估法律风险，并制定合适的应对策略。
准备相关证据：收集并整理所有与虚开发票行为相关的证据，包括发票、合同、付款记录、退回款项的证明等，以备不时之需。
综上所述，虚开发票4万用于学校开支，并且钱已退回纪检委，最严重的处罚可能涉及刑事责任。具体处罚将取决于多种因素，包括数额大小、用途与后果、主观故意等。因此，我建议您尽快咨询专业律师，以便更准确地评估法律风险，并采取合适的应对措施。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。