可以。单位因虚开发票被处罚后，行政机关仍可对直接负责的主管人员和其他直接责任人员（即负责人）进行行政处罚，二者并不冲突。具体分析如下：

1. 法律责任主体具有双重性

根据《中华人民共和国发票管理办法》第三十七条及《税收征收管理法》第六十三条，虚开发票的违法行为涉及两个层面的责任主体：

• 单位责任：作为违法行为的实施主体，单位需承担罚款、没收违法所得等行政责任。
• 个人责任：直接负责的主管人员和其他直接责任人员（如财务负责人、经办人等）因未履行法定职责或存在故意、过失，需单独承担行政责任。

法律依据：
《行政处罚法》第三条明确规定，行政处罚的对象包括公民、法人或其他组织。单位与个人作为不同主体，可同时成为处罚对象。

2. 行政处罚的“双罚制”原则

在税务、金融等领域，法律常采用“双罚制”，即对单位和直接责任人员分别处罚。例如：

• 单位处罚：罚款（如虚开发票金额的1倍以下）、没收违法所得。
• 个人处罚：罚款（如10万元以下）、行政拘留（严重情形）、禁止从事相关职业（如吊销会计从业资格证）。

典型案例：
某公司虚开发票100万元，税务机关对单位罚款50万元，同时对财务总监罚款5万元并吊销其会计证，二者并行不悖。

3. 个人责任认定的关键要素

行政机关对负责人处罚时，需证明其存在以下情形之一：

• 故意：指使、授意或直接参与虚开发票行为；
• 重大过失：未履行审核、监督职责，导致违法行为发生；
• 直接参与：作为经办人具体实施虚开行为。

证据要求：
需结合书面指令、邮件记录、证人证言等证据，证明个人与违法行为存在直接关联。

4. 与刑事责任的衔接

若虚开发票行为构成犯罪（如《刑法》第二百零五条虚开发票罪），司法机关可对单位判处罚金，同时对负责人判处刑罚（如有期徒刑、拘役）。此时，行政处罚与刑事处罚可并行，但需遵循“一事不再罚”原则（即同一行为不重复处罚）。

实务建议：

• 单位应完善发票管理制度，明确负责人职责边界；
• 负责人需保留履行职责的证据（如审批流程、风险提示记录），以降低个人责任风险。

如需进一步分析具体案件中的责任划分或处罚程序，可直接向我咨询。