当股东注销了其持有的公司股权时，处理这一情况需要遵循一系列法律程序和规定，以确保整个过程的合法性和合规性。以下是对这一问题的详细解答：
一、初步核实与清算情况确认
首先，必须核实注销股东在注销时是否对其在目标公司的股权进行了妥善清算处理。这包括查看清算报告，确认是否有对股权的明确安排，如股权是否已转让给其他主体或按清算方案进行了处置。若清算报告中已有明确安排，则应按照既定方案执行。
二、股权处理的主要方式
股权转让：
- 内部转让：若目标公司其他股东愿意受让注销股东的股权，可通过签订股权转让协议，按照公司章程的规定办理变更手续，并到工商行政管理部门进行备案。
- 外部转让：若内部股东不愿受让，注销股东可寻找外部受让方，同样需签订合法有效的股权转让协议，并按公司章程完成转让及变更登记。
股权回购：
- 在特定情形下，如公司连续五年盈利但未分配利润，注销股东（若其股权未被完全转让）可请求公司按合理价格回购其股权。若协商不成，可向人民法院提起诉讼。
公司减资：
- 若无合适受让方，且全体股东协商一致，可对目标公司进行减资，减少注册资本，注销对应股权份额。此过程需严格遵循公司法规定的减资程序，包括编制资产负债表及财产清单、通知债权人并公告等。
三、清算过程中的处理
成立清算组：
- 根据《中华人民共和国公司法》，公司解散后应尽快成立清算组，由股东组成，开始清算工作。若注销的股东曾是目标公司的股东，则需确保其参与清算组的成立（若其股权未被完全转让且仍有清算义务）。
清理公司财产与制定清算方案：
- 清算组需接管公司，清理财产，编制资产负债表和财产清单，处理未了结业务，清缴税款等。清算完成后，制定清算方案，明确股权处置方式，并报股东会或人民法院确认。
分配剩余财产：
- 在支付清算费用、职工工资、社保费用、税款及清偿债务后，剩余财产按股东出资比例（有限责任公司）或股份比例（股份有限公司）进行分配。
四、特殊情况处理
遗漏资产处理：
- 若注销后发现遗漏资产，原股东（若其股权未被完全转让且仍有权益）可按持股比例主张权利，但需证明股东身份及资产性质。
债权债务纠纷涉及股权权益：
- 若注销后出现与公司原债权债务相关的纠纷，影响原股东权益，原股东可能需根据具体情况承担责任或主张权利。例如，未依法履行清算义务导致债权人利益受损的，股东可能需承担赔偿责任。
五、后续步骤
税务注销：
- 向税务机关提出注销税务登记申请，完成税务清查，获得允许注销意见书。
工商注销：
- 携带清算报告、注销申请书及税务机关允许注销意见书等文件，前往工商局申请注销公司登记。工商局审核通过后，依法注销公司登记，并公告公司终止。
六、建议与总结
在处理股东注销后的股权问题时，建议咨询专业的律师或法律顾问，以确保股权处理的合法性和合规性，避免潜在的法律风险。同时，应密切关注相关法律法规的变化，确保整个处理过程符合最新要求。
综上所述，股东注销后的股权处理需要遵循一系列法律程序和规定，包括股权转让、股权回购、公司减资、清算过程中的处理以及特殊情况处理等。通过严格遵守这些程序和规定，可以确保股权处理的合法性和有效性。