若部门全员被不合理扣绩效，员工可先尝试内部沟通协商，协商不成可依据具体情况通过申请劳动仲裁等法律途径维权。以下从不同角度详细分析：

从公司规章制度角度

1. 公司制度合法性审查：公司扣绩效需要有合法合理的规章制度作为依据。如果公司的绩效考核制度没有经过民主程序制定（比如未经过职工代表大会或者全体职工讨论，未与工会或者职工代表平等协商确定），或者没有向员工公示告知，那么该制度对员工不具有约束力。在这种情况下，公司全员扣绩效的行为就是违法的，员工有权拒绝，并可以要求公司补发被扣的绩效工资。
2. 制度内容合理性判断：即使公司的绩效考核制度经过了合法程序制定并公示，但如果制度内容本身不合理，比如考核指标不明确、不具体，无法客观衡量员工的工作表现；或者考核标准过于严苛，远远超出同行业正常水平，导致大部分员工都无法达到要求，那么这种扣绩效的行为也可能被认定为不合理。员工可以与公司沟通，要求对制度进行修改完善，若公司拒绝，员工可以向劳动监察部门投诉。

从扣绩效原因角度

1. 因员工个人原因扣绩效：如果是因为个别员工存在严重违反公司规章制度（如旷工、迟到早退达到一定次数、违反操作规程造成重大损失等）或者工作表现极差（如长期无法完成工作任务、工作质量严重不达标等），公司依据制度扣其绩效是合理的。但如果是全员都存在类似严重问题的情况比较少见，若公司以此为由全员扣绩效，员工可以要求公司出示具体的证据证明每个员工都存在相应问题，否则公司行为涉嫌违法。
2. 因公司经营原因扣绩效：当公司面临经营困难、市场环境恶化等情况时，可能会采取全员扣绩效的方式来降低成本。但这种做法需要满足一定条件，一是要与员工协商一致，不能单方面强制扣减；二是扣减后的工资不得低于当地最低工资标准。如果公司未经协商单方面全员扣绩效，或者扣减后员工工资低于最低工资标准，员工可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁，要求公司支付差额工资。

从维权途径角度

1. 与公司协商：这是最直接、最便捷的方式。员工可以推选代表与公司管理层进行沟通，说明全员扣绩效不合理的地方，要求公司重新审视绩效考核结果，补发被扣的绩效工资。在协商过程中，要注意保留好相关证据，如沟通记录、绩效考核制度等。
2. 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉。劳动监察部门会对公司的违法行为进行调查核实，并责令公司改正。如果公司拒不改正，劳动监察部门可以依法对公司进行处罚。员工在投诉时，要提供详细的证据材料，如劳动合同、工资条、绩效考核结果通知等。
3. 申请劳动仲裁：员工还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。劳动仲裁是一种准司法程序，其裁决具有法律效力。员工在申请劳动仲裁时，要提交仲裁申请书、相关证据材料等。仲裁委员会会根据双方提供的证据和陈述进行审理，并作出裁决。如果员工对仲裁裁决不服，还可以向人民法院提起诉讼。

如果遇到部门全员扣绩效的情况，员工不要盲目接受，要根据具体情况判断公司行为的合法性和合理性，并通过合法途径维护自己的权益。如果有任何疑问，可以直接向我咨询。