合同中约定违约金日千分之三是否合理，需结合具体案件情况，特别是实际损失、当事人意思自治及法律法规的强制性规定来综合判断，不能一概而论。以下从多个角度为您详细分析：
一、合法性基础与意思自治原则
根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，合同双方当事人在平等、自愿的基础上，可以约定违约金的数额或计算方法。这意味着，日违约金千分之三的约定，在双方真实意思表示且未违反法律强制性规定的前提下，一般是合法有效的。这种约定体现了意思自治原则，即合同双方有权根据自己的意愿来设定合同条款，包括违约金的数额或计算方法。
二、违约金的调整机制
尽管双方可以约定违约金，但法律也规定了违约金的调整机制，以防止违约金过高或过低，从而保护合同双方的合法权益。
过高调整：若约定的日违约金千分之三显著超过因违约造成的实际损失，根据《民法典》的相关规定，当事人有权请求人民法院或仲裁机构予以适当减少。调整时，会综合考虑合同的履行情况、当事人的过错程度以及预期利益等因素，确保违约金的合理性和公平性。例如，在民间借贷等案件中，若借款本金小、期限短，而违约金计算后远超本金，法院很可能认定违约金过高并进行调整。
实际损失为基准：判断违约金是否“过分高于”实际损失，是评估其合法性的关键。实际损失包括直接损失和间接损失，如因违约导致的额外费用、利润损失等。法院或仲裁机构在判断时，会要求违约方提供证据证明其实际损失，以便进行合理调整。
法律法规强制性规定：特定行业或领域可能有关于违约金上限的强制性规定。若合同约定的日违约金千分之三违反了这些规定，则超出部分无效。例如，在金融借贷领域，虽然日万分之三的违约金较为常见，但若超过合同成立时一年期贷款市场报价利率的四倍，则可能被视为过高。
三、实际操作建议
合理约定：在签订合同时，双方应基于实际可能发生的损失和合同履行情况，合理约定违约金的数额或计算方法。避免盲目设定过高的违约金，以免后续产生纠纷。例如，可以根据行业惯例、历史数据或专业评估来确定一个合理的违约金比例。
明确条款：合同中应明确违约金的计算方式、支付条件及时间等，确保条款的清晰性和可执行性。这有助于减少因条款模糊而产生的争议和纠纷。例如，可以明确约定违约金是按日计算还是按违约行为次数计算，以及支付违约金的具体时间和方式。
收集证据：在发生违约纠纷时，守约方应及时收集相关证据，以证明其实际损失和违约方的违约行为。这有助于在请求调整违约金时提供有力支持。例如，可以收集合同、发票、付款记录、沟通记录等证据来证明自己的损失和违约方的责任。
四、案例分析
假设在一个房屋买卖合同中，双方约定了日违约金千分之三。若因卖方原因导致合同无法履行，且买方因此遭受了重大经济损失（如已支付的定金、中介费、购房机会损失等），则日违约金千分之三可能被认定为合理补偿。然而，若买方仅遭受了轻微损失（如少量定金损失），则日违约金千分之三可能显失公平，法院或仲裁机构可能会根据买方的请求予以适当减少。
综上所述，合同中约定违约金日千分之三是否合理，需结合具体案件情况来判断。在实际操作中，双方应充分考虑实际损失、法律法规及行业规范等因素，合理约定违约金，以维护合同的公平性和有效性。若您在合同纠纷中遇到相关问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。