企业和员工约定后，企业直接在工资内代扣房租、水电是否违法，需分情况讨论：
若员工同意且代扣金额合理
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。” 虽然该条款直接针对的是因劳动者原因造成的经济损失赔偿，但类比推理，若员工与企业就房租、水电费的代扣达成明确且合理的书面协议，且代扣后工资不低于当地最低工资标准，这种代扣行为在法律上可能被视为一种双方自愿的债务清偿方式，不直接构成违法。但关键在于，这种代扣必须基于员工的明确同意，且代扣的金额和方式需合理，不能损害员工的合法权益。例如，若员工月工资为5000元，当地最低工资标准为2000元，则每月最多可代扣的房租、水电费等费用不应超过1000元（即5000元的20%），以确保员工剩余工资不低于最低工资标准。
若员工未同意或代扣金额不合理
- 若企业未经员工同意，擅自从员工工资中代扣房租、水电费，或者代扣的金额超过了合理范围（如导致员工工资低于当地最低工资标准），则这种行为构成违法。因为工资是员工劳动的合法报酬，企业无权擅自扣减。在这种情况下，员工有权向劳动监察部门投诉，要求企业补发被扣减的工资，并可能获得相应的赔偿。
建议与风险提示：
- 对于企业：在决定从员工工资中代扣房租、水电费前，务必与员工进行充分沟通，并达成书面协议。协议中应明确代扣的金额、方式、时间等关键条款，以确保双方的权益得到保障。同时，企业应确保代扣后的工资不低于当地最低工资标准，以避免法律风险。
- 对于员工：若发现企业未经同意擅自代扣工资，或者代扣的金额不合理，应及时向企业提出异议，并保留相关证据（如工资条、银行流水等）。若企业拒绝改正，员工可以向当地劳动监察部门投诉，或者通过法律途径维护自己的合法权益。
总结：企业和员工就工资代扣房租、水电费的问题达成约定时，必须确保员工的明确同意和代扣金额的合理性。若未经同意或代扣不合理，则构成违法。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。