劳务派遣司机的出差补助，其发放方式需依据派遣协议、用工单位规章制度以及相关法律法规来确定，既可能从工资中发放，也可能作为差旅费单独报销。以下是对此问题的详细分析：
一、从工资中发放出差补助
派遣协议约定：
- 如果劳务派遣协议中明确规定了出差补助作为工资的一部分进行发放，那么用工单位或派遣单位应当按照协议约定，将出差补助包含在司机的工资中一并支付。
用工单位规章制度：
- 用工单位可能在其规章制度中规定了出差补助的发放方式，包括将其纳入工资体系。若司机接受用工单位的管理并遵守其规章制度，那么出差补助可能随工资一同发放。
法律法规依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，劳务派遣工享有与用工单位同岗位劳动者同等的劳动报酬和福利待遇。若用工单位同岗位劳动者的出差补助是通过工资发放的，那么劳务派遣司机也应享受同等待遇。
二、作为差旅费单独报销
派遣协议约定：
- 劳务派遣协议可能规定出差补助以差旅费的形式进行报销。在这种情况下，司机需要保留相关的出差费用凭证（如交通费、住宿费发票等），并按照协议约定的流程进行报销。
用工单位规章制度：
- 用工单位可能制定了差旅费报销制度，明确了出差补助的报销标准和流程。司机在出差期间产生的费用，可以按照该制度进行报销。
实际操作中的灵活性：
- 在实际操作中，用工单位或派遣单位可能根据具体情况灵活处理出差补助的发放方式。例如，对于短期出差，可能选择将补助随工资发放；对于长期出差或费用较高的项目，则可能选择以差旅费的形式进行报销。
三、法律建议与注意事项
审查派遣协议：
- 司机在签订劳务派遣协议时，应仔细审查协议中关于出差补助的条款，确保自己的权益得到保障。
了解用工单位规章制度：
- 司机应了解并遵守用工单位的规章制度，特别是关于出差补助和差旅费报销的规定。
保留相关凭证：
- 无论出差补助是以工资形式发放还是以差旅费形式报销，司机都应保留相关的凭证和记录，以备不时之需。
及时沟通与协商：
- 如果司机对出差补助的发放方式有疑问或不满，应及时与用工单位或派遣单位进行沟通与协商，寻求合理的解决方案。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供更为详细和专业的法律建议。