针对事业编制入职过程中存在程序性违法的处理方式，核心结论如下：

1. 程序性违法的认定需结合具体环节
事业编制入职程序通常包括发布公告、资格审查、笔试/面试、体检、政审、公示及录用等环节。若某一环节违反《事业单位公开招聘人员暂行规定》或地方性法规（如未公开招聘计划、擅自修改录取标准、未履行公示程序等），即构成程序性违法。
处理建议：

• 收集证据：保留招聘公告、考试通知、成绩单、体检报告、公示文件等书面材料，证明程序违法事实（如未公示成绩却直接录用）。
  
• 向主管部门投诉：根据《事业单位人事管理条例》第40条，可向同级事业单位人事综合管理部门（如人社局）或上级主管部门举报，要求撤销违法录用决定。
  
• 申请行政复议或诉讼：若投诉未果，可在知道违法事实后60日内申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼，主张录用行为无效。

2. 违法后果与救济途径
程序性违法可能导致录用结果被撤销，但需区分“程序瑕疵”与“根本性违法”：

• 程序瑕疵（如未及时公示但内容合法）：可能被要求补正程序，录用结果仍有效。
  
• 根本性违法（如暗箱操作、量身定制条件）：录用行为将被撤销，已入职人员可能被解聘，且单位需承担行政责任（如警告、罚款）。
  处理建议：
  
• 对个人：若未被录用，可主张重新招聘或赔偿机会损失；若已被录用，需警惕单位后续以“程序违法”为由解聘，建议提前咨询律师固定证据。
  
• 对单位：内部应自查整改，避免扩大违法后果（如主动撤销错误录用决定，减少行政处罚风险）。

3. 特殊情形：涉及公平竞争权的保护
若程序违法导致他人丧失公平竞争机会（如违规设置“萝卜坑”条件），利益受损方可依据《民法典》第1165条主张侵权责任，要求单位赔偿考试费用、差旅费等直接损失。
处理建议：

• 联合维权：若多人遭遇同类违法，可集体向纪委监委或巡视组反映，形成监督压力。
  
• 注意时效：行政诉讼时效为6个月，民事赔偿诉讼时效为3年，需及时主张权利。

总结：程序性违法的处理需结合违法环节、后果严重性及个人身份（应聘者/已入职者）综合判断。建议优先通过行政投诉解决，若无效则果断启动法律程序。如有具体案例细节（如违法环节、证据情况），可进一步向我说明，我会提供针对性分析。