司法鉴定评估机构对违法建筑的鉴定，在符合法定程序和条件的情况下，是受法律保护的。以下从多个角度对此问题进行详细分析：
一、司法鉴定评估机构的法律地位与职责
司法鉴定评估机构是依法设立的，具备专业资质和技术能力，能够就特定事项进行鉴定评估并出具专业意见的机构。在建设工程领域，司法鉴定评估机构经常被委托对建筑物的质量、造价、损失等进行鉴定评估。对于违法建筑，虽然其本身可能违反了相关法律法规，但司法鉴定评估机构仍然可以依法对其进行鉴定，以确定其结构安全、造价、损失等具体情况。
二、违法建筑鉴定的合法性
鉴定目的的合法性：司法鉴定评估机构对违法建筑的鉴定，通常是为了解决与违法建筑相关的法律纠纷，如拆迁补偿、行政处罚、民事赔偿等。这些鉴定目的本身是合法的，且有助于维护社会公平正义和法律秩序。
鉴定程序的合法性：司法鉴定评估机构在进行违法建筑鉴定时，必须遵循法定程序，包括接受委托、组成鉴定团队、现场勘查、收集资料、分析论证、出具鉴定报告等。只有按照法定程序进行的鉴定，才能确保其结果的合法性和有效性。
鉴定主体的合法性：司法鉴定评估机构必须具备相应的专业资质和技术能力，且鉴定人员必须具备相应的执业资格和经验。只有具备合法主体资格的机构和人员进行的鉴定，才能受到法律的保护。
三、违法建筑鉴定的法律后果
对违法建筑处理的影响：司法鉴定评估机构对违法建筑的鉴定结果，往往成为相关部门对违法建筑进行处理的重要依据。例如，在拆迁补偿中，鉴定结果可能影响补偿金额的确定；在行政处罚中，鉴定结果可能影响处罚的种类和幅度。
对法律纠纷解决的作用：在涉及违法建筑的民事纠纷中，司法鉴定评估机构的鉴定结果可以作为证据使用，有助于法院或仲裁机构查明事实、分清责任，从而公正地解决纠纷。
四、特殊情况下的考虑
虽然司法鉴定评估机构对违法建筑的鉴定在一般情况下是受法律保护的，但也存在一些特殊情况需要考虑。例如，如果鉴定机构或鉴定人员存在违法行为或不当行为，如收受贿赂、出具虚假鉴定报告等，那么其鉴定结果将不受法律保护，并可能承担相应的法律责任。
五、建议与注意事项
选择合法机构：在进行违法建筑鉴定时，应选择具备合法资质和良好信誉的司法鉴定评估机构进行委托。
遵循法定程序：确保鉴定过程遵循法定程序，包括委托、勘查、收集资料、分析论证等环节，以确保鉴定结果的合法性和有效性。
注意鉴定结果的运用：在运用鉴定结果时，应充分考虑其合法性和有效性，避免将其用于非法目的或不当用途。
综上所述，司法鉴定评估机构对违法建筑的鉴定，在符合法定程序和条件的情况下，是受法律保护的。如有相关法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。