关于评估公司对违章建筑如何估价的问题，这确实是一个涉及法律与规定的重要议题。以下是对此问题的详细解答：

一、违章建筑的定义及类型

首先，我们需要明确什么是违章建筑。根据《城市规划法》以及《城市房屋拆迁管理条例》和各地方政府制定的规章，违章建筑通常被定义为未办理建筑用地规划许可证和建设工程规划许可证，或违反建设工程规划许可证的规定而建成的建筑。这些建筑可能因妨碍社会公共利益或不符合城乡整体规划而被规划行政主管部门确认为违法。

违章建筑一般包括以下几种情形：

1. 未申请或申请未获批准，未取得相关许可证而建成的建筑。
2. 虽取得建设工程规划许可证，但未按照批准的范围、使用性质建成的建筑。
3. 擅自将临时建筑建设为永久性的建筑。

二、违章建筑的处置方式

根据《城乡规划法》的相关规定，有权行政部门会根据违章建筑是否“可以采取改正措施消除对规划实施的影响”来进行区分处理。

• 对于“尚可采取改正措施”的违章建筑，可能会给予限期改正、罚款等行政处置措施。
• 对于“无法采取改正措施”的违章建筑，则可能会面临限期拆除、没收、罚款等处置措施。

三、违章建筑的评估方式

评估公司在对违章建筑进行估价时，会根据其是否可改正来选用适宜的评估方法。

1. 不可改正的违章建筑：

   • 这类建筑因违反城市规划要求，通常会被限期拆除或立即拆除。
   • 评估时不宜采用收益法、假设开发法及市场比较法，因为这些方法都基于建筑能够持续产生收益或具有市场价值的前提。
   • 适宜采用成本法进行评估，评估价值=建筑物重置价值-建筑材料折旧-拆除费用。这种方法仅考虑建筑物的建造价值，不包含土地使用权价值，符合其产权状况。

2. 可改正的违章建筑：

   • 这类建筑在缴纳罚款、补办手续后，可以获得合法建筑的法律地位。
   • 评估时可以根据《房地产估价规范》要求，结合实际情况采用成本法、收益法、假设开发法及市场比较法等方法来求得其市场价值。
   • 评估价值需扣减处置及补办手续（包含缴纳地价）所需费用。

四、总结

综上所述，评估公司对违章建筑的估价是一个复杂而细致的过程，需要充分考虑建筑的违法性质、处置方式以及相关法律法规的规定。在实际操作中，评估公司应严格按照相关法律法规和评估规范进行操作，确保评估结果的公正性和准确性。同时，政府部门也应加强对评估过程的监管，确保评估工作的合法性和规范性。