建设工程施工合同因非法转包无效时，质保金条款同样无效，质保金应当予以退还。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
《中华人民共和国民法典》第一百五十七条：
- 民事法律行为无效、被撤销或者确定不发生效力后，行为人因该行为取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。法律另有规定的，依照其规定。
- 在非法转包的情况下，转包合同自始无效，因此基于该合同收取的质保金也应当予以退还。
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》的相关精神：
- 虽然该解释未直接提及质保金在非法转包情况下的退还问题，但其中蕴含的“合同无效但可基于实际情况进行处理”的原则，同样适用于质保金的退还。即，合同无效后，应基于实际情况，包括合同无效的原因、双方过错程度等，来处理质保金的退还问题。
二、非法转包合同无效的原因及后果
非法转包合同无效的原因：
- 通常包括承包人未取得建筑施工企业资质或超越资质等级、没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义等情形。这些情形下，转包合同因违反法律法规的强制性规定而无效。
非法转包合同无效的后果：
- 合同无效后，自始不具有法律效力。因此，基于该合同收取的质保金也失去了合法依据，应当予以退还。
三、质保金退还的具体操作
确认合同无效：
- 首先，需要通过法律程序确认转包合同确实无效。这通常可以通过向法院提起诉讼或申请仲裁等方式进行。
协商退还：
- 在确认合同无效后，双方可以协商质保金的退还事宜。如果协商达成一致，可以按照协商结果执行。
诉讼或仲裁：
- 如果协商不成，任何一方都可以向法院提起诉讼或申请仲裁，要求退还质保金。在此过程中，需要提供充分的证据证明合同无效以及质保金的存在和金额等事实。
四、特殊情况下的处理
如果工程存在质量问题：
- 在质保金退还前，如果工程存在质量问题，且该质量问题与承包人的施工行为有关，那么发包人有权要求承包人承担相应的维修责任或赔偿责任。但这并不影响质保金因合同无效而应退还的基本原则。发包人可以在退还质保金时，扣除因承包人施工行为导致的维修费用或赔偿费用。
如果双方对质保金退还有争议：
- 如果双方对质保金的退还金额、退还时间等存在争议，且无法通过协商解决，那么可以通过诉讼或仲裁的方式来解决争议。法院或仲裁机构会根据合同无效的原因、双方过错程度、工程实际情况等因素，来裁决质保金的退还问题。
总结来说，建设工程施工合同因非法转包无效时，质保金条款同样无效，质保金应当予以退还。在处理质保金退还问题时，应首先确认合同无效，然后通过协商或诉讼/仲裁的方式来解决退还事宜。如果工程存在质量问题或双方对退还有争议，应根据实际情况进行相应处理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。