农村买卖土地后申请的土地使用证是否合法，需分情况讨论：

1. 若买卖的是农村宅基地使用权，且符合法定条件：

   • 根据《土地管理法》及相关规定，农村宅基地使用权可以在本集体经济组织成员之间流转。若买卖双方均为同一集体经济组织成员，且买卖行为经过村集体经济组织或村民委员会的同意，并依法办理了土地使用权变更登记手续，那么申请的土地使用证是合法的。
   • 合法要点：买卖双方身份合格（同一集体经济组织成员）、经过村集体同意、办理变更登记。

2. 若买卖的是农村承包地经营权，且符合法定条件：

   • 农村承包地经营权可以依法流转，包括转包、出租、互换、转让等方式。若买卖行为（实际为转让）符合《农村土地承包法》的规定，即转让方有稳定的非农职业或者有稳定的收入来源，且经发包方同意，并办理了土地承包经营权变更登记，那么基于该转让行为申请的土地使用证（或相关权证）也是合法的。
   • 合法要点：转让方条件合格、经发包方同意、办理变更登记。

3. 若买卖行为违反法律规定：

   • 非法买卖情形：若买卖的是农村集体所有的土地（非宅基地、非承包地，或跨集体经济组织买卖宅基地），或者买卖行为未经村集体经济组织或村民委员会同意，或者未依法办理土地使用权变更登记手续，那么该买卖行为是违法的，基于此申请的土地使用证也是不合法的。
   • 法律后果：非法买卖土地可能面临行政处罚，如没收违法所得、罚款等；情节严重的，还可能构成非法转让、倒卖土地使用权罪，承担刑事责任。同时，非法申请的土地使用证将被撤销或视为无效。

法律建议：

• 在进行农村土地买卖前，务必了解清楚土地的性质（宅基地、承包地还是其他）、买卖双方的资格条件以及所需的法定程序。
• 确保买卖行为经过村集体经济组织或村民委员会的同意，并依法办理土地使用权变更登记手续。
• 若对土地买卖的合法性有疑问，建议咨询当地土地管理部门或专业律师，以避免法律风险。

特殊情况提醒：

• 农村土地买卖涉及复杂的法律关系和利益调整，不同地区的政策执行也可能存在差异。因此，在具体操作中需结合当地实际情况和政策规定进行。
• 若买卖行为已经发生且存在争议，建议及时寻求法律援助或通过法律途径解决纠纷，以维护自身合法权益。

有问题可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况和当地政策，为你提供更详细的法律建议。