结论前置：公司要求怀孕员工停薪留职，除非是基于双方自愿协商一致且达成书面协议，否则一般是不合法的，可能构成对孕妇的歧视，违反了《中华人民共和国劳动法》及《女职工劳动保护特别规定》。
一、法律法规依据与孕妇权益保护
《中华人民共和国劳动法》第二十九条明确规定，女职工在孕期、产期、哺乳期内的，用人单位不得解除劳动合同。这一条款旨在保护女性员工的合法权益，避免因其生理特殊时期而遭受不公正待遇。
《女职工劳动保护特别规定》第五条进一步强调，用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳降低其工资、予以辞退、与其解除劳动或者聘用合同。这确保了怀孕女职工在职场上的稳定性和经济权益。
二、停薪留职的本质与风险
停薪留职本质上意味着员工停止工作，用人单位停止支付工资，但保留职位。对于怀孕女职工而言，这种安排实际上损害了其获得劳动报酬的基本权利。怀孕女职工有权在遵守正常工作制度和履行工作职责的前提下，享受与正常工作时相同的工资待遇。因此，公司单方面要求怀孕员工停薪留职，很可能构成违法行为。
三、特殊情况下的合法性
如果怀孕女职工因身体等特殊原因，主动向公司提出停薪留职申请，并且双方经过协商一致后达成书面协议，这种情况下是合法有效的。关键在于必须是女职工自愿主动提出，而非公司强制要求。此外，协议内容应明确停薪留职的期限、双方权利义务等关键条款，且不得违反法律法规的强制性规定，如社会保险缴纳义务等。
四、法律救济途径与维权建议
若公司强制要求怀孕员工停薪留职，员工可以采取以下措施维护自己的合法权益：
与公司沟通协商：首先，尝试与公司进行沟通，明确表达自己的意见和需求，要求公司纠正违法行为。在沟通过程中，可以引用相关法律法规，增强自己的说服力。
收集并固定证据：保留好劳动合同、工资条、考勤记录、沟通记录等相关证据，以备不时之需。这些证据在后续的维权过程中将起到关键作用。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，可以向当地人力资源和社会保障局劳动监察大队投诉。劳动监察部门将对公司的违法行为进行调查，并责令其纠正。
申请劳动仲裁：若对劳动监察部门的处理结果不满意，或者公司拒不执行整改要求，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。仲裁委员会将依法审理案件，并作出裁决。
提起诉讼：在仲裁裁决后，如果公司仍然不履行义务，或者员工对仲裁结果不满意，可以向人民法院提起诉讼。法院将依法审理案件，并作出最终判决。
五、实际案例参考
案例：某公司要求孕期员工张某停薪留职，张某拒绝并要求公司继续支付工资。公司未予理会，张某遂向劳动监察部门投诉。劳动监察部门调查后，责令公司补发张某停薪期间的工资，并处以罚款。公司最终接受了处罚，并纠正了违法行为。
这个案例表明，面对公司的不合理要求，怀孕女职工应积极运用法律武器维护自己的合法权益。同时，也提醒公司应遵守相关法律法规，尊重和保护女性员工的合法权益。
综上所述，公司要求怀孕员工停薪留职在大多数情况下是不合法的。如果遇到此类情况，建议怀孕女职工及时与公司沟通协商，并保留好相关证据。如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。