企业与军队的合同纠纷，其上级主管部门并不统一，需根据合同性质及军队层级来确定。以下从不同角度进行分析：

1. 合同性质角度：

   • 如果合同属于军事采购合同或军事工程建设合同等直接涉及军事行动或国防建设的合同，这类合同通常受到严格的军事法规和国防法规的调整。在此类合同纠纷中，上级主管部门可能是中央军事委员会的相关部门（如国防动员部、装备发展部等，具体取决于合同内容），或者是军队内部的合同管理机构（如军队采购管理局、军队工程建设管理局等）。
   • 如果合同属于一般商业合同，如军队作为普通民事主体与企业签订的物资采购、服务提供等合同，这类合同纠纷则主要受到《中华人民共和国民法典》合同编等民事法律规范的调整。在此类情况下，若军队一方为合同违约方，企业可以通过民事诉讼途径解决纠纷，而军队的上级主管部门可能是军队的上级单位（如军种司令部、战区司令部等），但更常见的是通过军队内部的纪律监察或审计部门进行内部处理，同时企业也可以依法向有管辖权的人民法院提起诉讼。

2. 军队层级角度：

   • 对于基层军队单位（如营、连级单位）与企业签订的合同，其上级主管部门可能是该基层单位的直接上级团级或旅级单位的相关部门。
   • 对于高级军队机关（如军种司令部、战区司令部等）与企业签订的合同，其上级主管部门则可能是中央军事委员会的相关部门或更高级别的军事领导机构。

法律建议：

• 在处理企业与军队的合同纠纷时，首先应明确合同的具体性质和内容，以确定适用的法律法规和纠纷解决机制。
• 如果合同涉及军事秘密或国防安全，建议企业在处理纠纷时格外谨慎，避免泄露敏感信息。
• 企业可以积极与军队一方进行沟通协商，寻求和解或调解等非诉讼解决方式，以降低成本和风险。
• 如果协商无果，企业可以依法向有管辖权的人民法院提起诉讼，或根据合同约定申请仲裁解决纠纷。

可能后果：

• 如果企业选择通过法律途径解决纠纷，可能会面临一定的诉讼成本和时间成本。
• 如果合同涉及军事秘密或国防安全，企业可能会因处理不当而面临法律责任或声誉损失。

如有任何进一步的问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的解答。