可以提起民事诉讼，但能否获得有效执行需视具体情况而定；在符合条件的情况下，也可以申请仲裁。以下从不同角度为您详细分析：
一、关于民事诉讼
合同效力：
- 个人与公司签订的借款合同，若合同本身不存在违反法律、行政法规的强制性规定或违背公序良俗的情形，则合同在民事法律层面是有效的。公司被认定为非法吸收存款罪，并不直接导致借款合同无效，因为该罪名主要规范的是公司的融资行为，而非单个的借款合同。
诉讼权利：
- 作为出借人，您有权依据有效的借款合同向公司提起民事诉讼，要求公司偿还借款本金及利息（若合同中有约定）。这是您作为债权人的基本权利。
执行问题：
- 即便您获得了民事判决，执行阶段可能会遇到困难。因为公司被认定为非法吸收存款罪，其资产可能已被冻结或用于清偿其他债务，导致您的债权无法得到有效执行。但这并不影响您提起民事诉讼的权利。
二、关于仲裁
仲裁协议：
- 若借款合同中包含有效的仲裁条款，即双方约定将争议提交仲裁机构解决，那么您可以在符合条件的情况下申请仲裁。仲裁具有一裁终局的效力，且仲裁程序相对灵活、高效。
仲裁可行性：
- 仲裁的可行性取决于合同中的仲裁条款以及公司当前的状况。如果公司愿意配合仲裁程序，且仲裁机构能够正常受理并审理案件，那么仲裁是一种可行的解决方式。但同样需要注意，仲裁裁决的执行也可能面临与公司资产被冻结或用于清偿其他债务相关的问题。
三、综合建议
及时行动：
- 鉴于公司已被认定为非法吸收存款罪，建议您尽快采取行动，无论是提起民事诉讼还是申请仲裁，以免因公司资产进一步流失而影响您的债权实现。
咨询专业律师：
- 在采取任何法律行动之前，建议您咨询专业律师，特别是熟悉建设工程和公司事务领域的律师。律师可以根据您的具体情况，为您提供更详细的法律建议和操作方案。
关注公司动态：
- 密切关注公司的动态，包括其资产状况、债务清偿情况等。这些信息对于您判断是否提起诉讼或仲裁以及后续的执行工作都至关重要。
最后需要强调的是，虽然公司被认定为非法吸收存款罪可能会影响您的债权实现，但并不影响您作为债权人提起民事诉讼或申请仲裁的权利。如果您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。