结论：您的证书能否申请拿回，需视具体情况而定，主要取决于证书的性质、公司涉案的具体情况以及您与公司之间的约定。以下从不同角度为您详细分析：
一、证书性质与归属
证书属于个人资质：如果您的证书是个人通过考试或评审获得的，且证书上明确标注了您的个人信息，那么该证书在法律上属于您的个人财产。在此情况下，即使您将证书交由公司使用，您仍有权要求公司返还证书，尤其是在公司涉案被查封，且该证书与案件无直接关联时。
证书与公司业务相关且为公司所有：如果证书是公司为了开展特定业务而要求您考取，且公司承担了考试费用或提供了其他形式的支持，同时证书在公司业务中起到关键作用，那么证书的归属可能存在争议。此时，您能否拿回证书，需根据公司与您之间的具体约定以及相关法律法规来判断。
二、公司涉案情况
证书与案件无直接关联：如果公司涉案被查封，但您的证书与案件无直接关联，即证书未被作为涉案证据或涉案财产被查封，那么您有权向公司提出返还证书的请求。公司应当配合您的请求，返还您的个人证书。
证书被作为涉案证据或财产被查封：如果您的证书被作为涉案证据或涉案财产被查封，那么您需要等待案件处理完毕，根据法院或相关部门的决定来确定证书的归属。在此期间，您可能无法直接拿回证书。
三、您与公司之间的约定
有明确约定：如果您与公司之间就证书的使用、保管和返还等事项有明确的约定，那么您应当按照约定来行使权利。如果公司违反了约定，您有权要求公司承担违约责任，并返还您的证书。
无明确约定：如果您与公司之间没有就证书的使用、保管和返还等事项作出明确约定，那么您需要与公司协商解决。在协商过程中，您可以强调证书的个人属性以及您对证书的所有权，争取公司的理解和配合。
四、法律建议
与公司协商：首先，我建议您尝试与公司进行协商，明确表达您希望拿回证书的意愿，并了解公司对此的态度和看法。通过协商，您可能能够达成一个双方都能接受的解决方案。
寻求法律援助：如果协商无果，或者公司拒绝返还您的证书，您可以考虑寻求法律援助。您可以咨询专业律师（比如我），了解您的法律权益和可行的法律途径。在必要时，您可以向法院提起诉讼，要求公司返还您的证书。
关注案件进展：如果您的证书被作为涉案证据或财产被查封，您需要密切关注案件的进展情况。在案件处理完毕后，及时与相关部门联系，了解证书的归属和返还事宜。
最后，我建议您在处理此类问题时保持冷静和理性，通过合法途径来维护自己的权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。