旷工两天罚三个月工资的做法，在大多数情况下是不合法的。以下从多个角度进行分析：
法律依据与原则
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这是判断扣罚工资行为合法性的基本法律框架。旷工两天罚三个月工资，显然超出了合理范围，违反了这一原则。
- 劳动法并未具体规定旷工的处理方式，但企业有权根据自身情况制定管理制度或劳动合同来约定旷工的处理办法。然而，这些规定必须合法、合理，且不违反劳动法的原则和精神。
旷工与扣款的合理关系
- 旷工是违反劳动纪律的行为，用人单位有权依据规章制度对旷工行为进行处罚，如警告、记过等。但扣款作为处罚手段，必须有明确的法律依据和合理的标准。
- 通常情况下，旷工一天，用人单位可以不支付当天的工资，这是基于劳动者未提供相应劳动的合理对应措施。然而，旷工两天就罚三个月工资，显然超出了这一合理范围，构成了对劳动者劳动报酬权利的侵犯。
企业规章制度的合法性
- 如果企业的规章制度或劳动合同中明确规定了旷工两天将罚三个月工资，并且这一规定经过了合法的程序制定和公示，从形式上看似乎具有合法性。但实际上，这种规定往往因过于严厉而缺乏合理性，可能被视为无效条款。
- 企业在制定规章制度时，应确保规定的合理性、公平性，并充分考虑到员工的权益和感受。扣罚方式不应过分严厉，以至于构成对劳动者劳动报酬权利的侵犯。
经济损失的赔偿与扣款限制
- 如果劳动者旷工给用人单位造成了经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但赔偿的扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
- 旷工两天罚三个月工资的做法，显然远远超出了这一限制，因此是不合法的。
实际操作建议
- 对于用人单位而言，应制定合理、合法的规章制度，明确旷工的处理方式和扣款标准。在执行时，应确保规定的公平、公正和合理，避免过度惩罚劳动者。
- 对于劳动者而言，应了解相关法律法规和规章制度，遵守劳动纪律，避免无故旷工等行为的发生。如果权益受到侵害，可以及时与用人单位协商沟通，或向当地劳动监察部门投诉举报，必要时通过法律途径维护自己的合法权益。
总结来说，旷工两天罚三个月工资的做法在法律上通常是不合法的。用人单位在制定和执行相关规定时，应谨慎考虑各方面因素，确保规定的公平、公正和合理；劳动者也应了解相关法律法规，以便在权益受到侵害时及时维权。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。