在处理职务犯罪中的回扣问题时，建议优先将款项退还给被害人，而非公安机关，但具体操作需结合案件实际情况与法律规定进行细致分析。以下是从不同角度给出的详细解答：
一、法律原则与被害人权益保护
直接补偿原则：
- 从法律原则上看，职务犯罪中的回扣往往直接侵害了被害人的财产权益。因此，将款项直接退还给被害人，能够更直接地补偿其损失，符合法律对于被害人权益保护的基本精神。
被害人权利恢复：
- 被害人作为犯罪行为的直接受害者，有权获得相应的赔偿或补偿。将回扣退还给被害人，有助于其尽快恢复受损的经济利益，减少因犯罪行为带来的负面影响。
二、公安机关的角色与程序要求
公安机关的职责：
- 公安机关在职务犯罪案件中主要负责侦查工作，包括收集证据、查明事实等。虽然公安机关在侦查过程中可能会扣押或冻结与案件相关的财物，但这些财物的最终处理通常需要依据法院的判决或裁定。
程序要求：
- 如果选择将回扣退还给公安机关，可能需要遵循一定的程序要求，如提交相关证据、填写退赃手续等。这些程序可能会增加退赃的复杂性和时间成本。
三、实际操作中的考虑因素
案件进展与证据固定：
- 在案件侦查阶段，如果回扣款项尚未被公安机关扣押或冻结，且被害人能够明确证明其损失与犯罪行为之间的直接关联，那么直接退还给被害人可能更为高效和直接。
- 如果案件已经进入审查起诉或审判阶段，且公安机关已经扣押或冻结了相关财物，那么可能需要通过司法程序进行退赃，此时应咨询专业律师以获取具体指导。
退赃的证明与记录：
- 无论选择退还给被害人还是公安机关，都应确保退赃过程有明确的证明和记录，如收据、转账凭证等。这些证明和记录在后续的法律程序中可能起到关键作用。
四、法律后果与风险提示
积极退赃的法律效果：
- 积极退赃通常被视为犯罪嫌疑人或被告人认罪、悔罪的表现，有助于在量刑时获得从轻或减轻处罚的考虑。
不当退赃的风险：
- 如果退赃方式不当或存在争议，可能会引发新的法律纠纷或影响案件的审理结果。因此，在退赃前应充分了解相关法律规定和程序要求，并咨询专业律师的意见。
五、具体建议
- 优先与被害人协商：在可能的情况下，优先与被害人协商退赃事宜，确保款项能够直接、有效地退还给被害人。
- 咨询专业律师：在退赃过程中遇到任何疑问或困难时，应及时咨询专业律师以获取法律指导和帮助。
- 保留相关证据：无论选择哪种退赃方式，都应妥善保留相关证据和记录以备后续需要。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据你的具体情况提供针对性的法律建议和指导。