在租赁合同中，关于印花税等税费的计算基数是按合同金额还是收款金额，需分情况讨论，具体如下：
- 印花税的计税依据
根据《中华人民共和国印花税法》第五条，印花税的计税依据为合同所列金额（不含列明的增值税税款）。例如，若租赁合同约定年租金10万元，则按10万元为计税基数，即使实际收款因优惠、减免等变为9万元，仍以合同金额计税。但需注意：
- 若合同金额与实际履行金额不一致（如提前解约），且能提供合法证明（如补充协议、退款凭证等），可按实际履行金额调整计税依据；
- 若合同未明确金额，或以“暂定价”“结算价”等方式约定，需按实际结算金额补缴印花税。
- 增值税的计税依据
根据《增值税暂行条例》第六条，增值税的计税依据为纳税人发生应税销售行为收取的全部价款和价外费用。例如，若租赁合同约定年租金10万元（含税），但实际收款因承租方违约仅支付8万元，则增值税应按实际收到的8万元计算（需扣除可抵扣的进项税额）。但需注意：
- 若合同明确约定“不含税价”及“增值税额”，则以不含税价作为计税依据；
- 若因折扣、返利等导致实际收款低于合同金额，需留存相关凭证（如折扣协议、退款单据等），以证明计税依据的合理性。
- 企业所得税的计税依据
根据《企业所得税法》第六条，企业以货币形式和非货币形式从各种来源取得的收入，为收入总额。例如，若租赁合同约定年租金10万元，但实际收款因承租方破产仅收回5万元，则企业所得税应按实际收到的5万元确认收入（需扣除相关成本费用）。但需注意：
- 若因债务重组、非货币资产交换等导致收入确认方式变化，需按税法规定调整应纳税所得额；
- 若合同约定“预收款”方式，需按权责发生制原则，在提供租赁服务期间分期确认收入。
总结建议：
- 印花税原则上以合同金额为计税依据，但实际履行金额与合同不一致时可调整；
- 增值税、企业所得税以实际收款金额为计税依据，但需留存合法凭证；
- 建议在合同中明确金额性质（如含税/不含税）、付款方式及违约处理条款，避免争议。
若有具体合同条款或税务处理疑问，可直接向我咨询，我会结合合同文本、履行情况及税法规定，为您提供详细分析。