甲方在明知乙方是借用公司资质承揽工程的情况下，其行为确实违法。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、法律角度
违反法律法规：
- 根据《中华人民共和国建筑法》及相关规定，禁止建筑施工企业以任何形式允许其他单位或者个人使用本企业的资质证书、营业执照，以本企业的名义承揽工程。甲方明知乙方借用资质而与之合作，实际上是在协助乙方违反这一规定，因此甲方的行为也构成违法。
合同效力问题：
- 乙方借用资质承揽工程，其与甲方签订的工程合同可能因违反法律强制性规定而被认定为无效合同。一旦合同被认定无效，双方将无法依据合同条款主张权利或履行义务，这可能导致甲方面临经济损失和法律风险。
二、风险角度
工程质量风险：
- 借用资质的乙方可能并不具备相应的施工能力和经验，这可能导致工程质量不达标，进而引发安全事故或质量问题。甲方作为工程的建设方，将承担由此带来的直接和间接损失。
法律责任风险：
- 甲方明知乙方借用资质而与之合作，可能被视为共同违法行为人，承担相应的法律责任。这包括但不限于罚款、没收违法所得、责令停业整顿、降低资质等级或吊销资质证书等行政处罚，以及因工程质量问题引发的民事赔偿责任。
三、建议与措施
立即停止合作：
- 甲方应立即停止与借用资质的乙方合作，避免进一步陷入法律风险。
审查合作方资质：
- 在未来的工程合作中，甲方应严格审查合作方的资质和信誉，确保合作方具备合法的施工能力和经验。
完善合同条款：
- 甲方在与合作方签订合同时，应明确约定资质审查、工程质量、违约责任等条款，以降低法律风险。
寻求法律帮助：
- 如甲方已陷入此类法律纠纷，应及时寻求专业律师的帮助，通过法律途径维护自身合法权益。
总结来看，甲方在明知乙方是借用公司资质承揽工程的情况下与之合作，不仅违反了法律法规，还可能面临工程质量风险和法律责任风险。因此，甲方应严格遵守相关法律法规，审慎选择合作方，确保工程合作的合法性和安全性。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。