针对您提出的“调入申请没盖章，但在公司已经工作了怎么办”的问题，这实际上涉及到了公司内部调动手续的合规性问题。虽然您已经开始了新的工作，但调入申请未盖章可能意味着调动流程尚未完全完成或存在合规风险。以下是我为您提供的详细解答和建议：
一、调入申请未盖章的影响
- 合规性风险：调入申请未盖章可能意味着调动流程未按照公司规定或法律法规要求完成，这可能给公司带来合规性风险。
- 权益保障：未盖章的调入申请可能影响您在新岗位上的权益保障，如薪资、福利、职位晋升等。
- 劳动关系确认：从法律角度讲，调入申请未盖章可能影响劳动关系的正式确认，尽管您已经实际开始工作。
二、建议解决方案
尽快补盖公章：
- 与原部门或人力资源部门沟通，说明情况并请求尽快补盖公章。
- 如果原部门因故无法补盖，可考虑通过公司正式流程（如邮件、内部系统等）确认调动事宜，并保留相关证据。
完善调动手续：
- 确保所有调动相关文件（如调动通知、工作交接单等）均已签字盖章。
- 如果调动涉及跨部门或跨地区，还需确认是否已办理完所有必要的迁移或登记手续。
与公司沟通确认：
- 与新部门负责人或人力资源部门沟通，确认您的职位、薪资、福利等是否已按照调动后的标准执行。
- 如有任何疑问或不明确的地方，及时提出并寻求解答。
保留相关证据：
- 保留所有与调动相关的邮件、短信、内部系统通知等证据，以备不时之需。
- 如果可能，可要求公司出具书面确认函，明确您的调动事宜和在新岗位上的权益。
三、注意事项
- 及时沟通：与公司和相关部门保持及时沟通，确保调动流程顺利进行。
- 遵守公司规定：在调动过程中，遵守公司的各项规定和流程，确保合规性。
- 关注自身权益：在调动过程中，关注自身权益是否得到保障，如有任何问题及时提出。
四、后续行动
如果经过上述努力后，调入申请仍未盖章或调动流程存在其他问题，建议您：
- 咨询公司法务部门或专业律师，了解您的权益和可能的法律途径。
- 如果问题严重且无法通过内部沟通解决，可考虑向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
希望以上解答和建议能对您有所帮助。如有任何进一步的问题或需要进一步的帮助，请随时与我联系。