在建设工程合同中，关于双方是否有权进行“罚款”的问题，我们需要从法律层面和合同实践两个角度进行深入分析。

首先，从法律层面来看，建设单位并不具备行政处罚法意义上的罚款权。罚款作为一种行政处罚行为，根据《中华人民共和国行政处罚法》的规定，只能由具有行政处罚权的行政机关依法实施。建设单位作为普通的民事主体，并非行政机关，因此不具备法律赋予的行政处罚权，不能对施工单位或个人直接进行罚款。

然而，在建设工程合同的实践中，双方往往会设定一些类似“罚款”的条款。这些条款实质上并非真正的行政处罚，而是违约金的另一种表述形式。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以约定一方违约时应当向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。这意味着，当施工单位违反合同约定时，建设单位有权依据合同条款要求施工单位承担违约责任，这种责任在本质上属于违约金性质。

违约金的设定是合法且有效的，它有助于确保合同的严肃性和执行力。例如，在建设工程合同中，双方可以约定若施工单位未能在约定期限内完成工程，每逾期一天，建设单位有权向施工单位收取一定金额的违约金。这种约定既符合法律法规的要求，也体现了双方对合同履行的重视。

如果建设单位在没有法律依据和合同明确约定的情况下擅自对施工单位进行罚款，该行为是无效的。施工单位有权拒绝支付此类款项，并可通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式维护自身合法权益。因此，建设单位应依靠合同约定的违约金条款或其他合法的经济手段（如扣除预付款、进度款等）来约束施工单位的行为，确保工程项目的顺利进行。

综上所述，建设工程合同中双方本身并不具备直接的行政处罚罚款权，但可以通过在合同中合理设定违约金条款来保障自身权益。在实际操作中，务必确保所有管理行为和合同条款均符合相关法律法规的要求，避免产生不必要的法律纠纷和风险。