在运输合同纠纷中，挂靠公司是否对货物损失承担责任，需根据具体情况综合判断，一般而言，挂靠公司在特定情形下需与实际承运人承担连带责任，但也存在免责或仅承担补充责任的情况。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律责任基础
合同相对性原则：
- 运输合同通常由托运人与实际承运人或挂靠公司签订。若挂靠公司以自己名义签订合同，则首先由挂靠公司对外承担责任；若实际承运人以自己名义签订，则由实际承运人首先担责。但挂靠公司若知晓并允许实际承运人以其名义从事运输，可能因表见代理或共同利益关系而承担连带责任。
过错责任原则：
- 挂靠公司对货物损失存在过错时（如选择无资质承运人、未履行监督义务），需承担相应赔偿责任。例如，挂靠公司未对实际承运人的运输资质进行审查，导致货物因承运人过错受损，挂靠公司需承担过错责任。
法律规定：
- 根据《最高人民法院关于审理道路交通事故损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第三条，挂靠机动车发生事故造成损害，挂靠公司与实际承运人需承担连带责任。这一规定在运输合同纠纷中同样具有参考价值，特别是当货物损失因运输过程中的交通事故导致时。
二、不同挂靠形式下的责任承担
名义挂靠：
- 对外责任：挂靠公司作为合同主体，需先向托运人赔偿货物损失。例如，挂靠公司以自己名义与托运人签订运输合同，但实际运输由无资质的个体司机完成，货物在运输过程中受损，挂靠公司需首先承担赔偿责任。
- 内部追偿：挂靠公司可向有过错的实际承运人追偿。挂靠公司在赔偿托运人后，有权根据挂靠协议或实际过错情况，向实际承运人追偿部分或全部损失。
实际挂靠：
- 实际承运人主责：实际承运人为合同直接主体，首先承担赔偿责任。例如，实际承运人以自己名义与托运人签订运输合同，但挂靠公司收取管理费并提供车辆等支持，货物在运输过程中受损，首先由实际承运人承担赔偿责任。
- 挂靠公司责任：挂靠公司若存在过错（如提供不安全车辆），需承担补充或连带赔偿责任。若挂靠公司提供的车辆存在安全隐患，导致货物在运输过程中受损，挂靠公司需承担相应责任。
三、影响责任判定的其他因素
挂靠协议约定：
- 挂靠协议虽不能对抗善意第三人，但在确定内部责任分担时具重要作用。协议中明确的责任承担方式，在不违反法律强制性规定下，可作为责任划分的依据。例如，挂靠协议中约定挂靠公司对货物损失承担一定比例的赔偿责任，该约定在内部追偿时具有法律效力。
对运输行为的控制程度：
- 挂靠公司对运输过程的控制越强，其承担责任的可能性和比例越高。例如，挂靠公司不仅提供车辆，还负责安排运输路线、监督运输过程等，货物在运输过程中受损，挂靠公司需承担更高比例的责任。
免责事由：
- 如货物损失因不可抗力、货物自然性质、合理损耗或托运人/收货人过错造成，挂靠公司可能免责。例如，货物因自然灾害（如洪水、地震）导致受损，挂靠公司可主张免责。
托运人知情情况：
- 托运人不知晓实际承运人与挂靠公司关系时，更倾向于向实际承运人主张赔偿，但不影响挂靠公司在法定情形下的责任承担。例如，托运人不知晓实际承运人挂靠于某公司，货物在运输过程中受损，托运人可直接向实际承运人主张赔偿，但若挂靠公司存在过错，仍需承担相应责任。
四、实际操作建议
- 托运人：在签订合同时应明确合同主体，了解承运人的资质和挂靠关系，以降低风险。例如，要求承运人提供营业执照、运输资质证书等文件，并核实其真实性。
- 挂靠公司和实际承运人：应完善挂靠协议，明确双方权利义务和责任承担方式，以减少纠纷。例如，在挂靠协议中明确约定货物损失的责任分担方式、赔偿标准等条款。
综上所述，运输合同中挂靠公司对货物损失的责任承担是一个复杂问题，需综合考量多种因素。在实际操作中，应依据具体案件情况和法律规定作出判断。若您遇到此类纠纷，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。