若商铺兴建不合法导致承包经营权受影响，核心结论取决于商铺违法性质及合同条款，具体分以下情况处理：

1. 商铺因未取得规划许可、施工许可等行政审批手续被认定为违法建筑

   • 根据《民法典》第153条，违反法律、行政法规强制性规定的民事法律行为无效。若承包合同明确约定“商铺需合法兴建”作为合同生效条件，则承包经营权可能因合同无效而无法继续行使，承包方有权要求返还已支付费用并主张赔偿损失（如装修投入、预期收益等）。
     
   • 若合同未明确约定，但商铺因违法被拆除或强制整改，导致承包方无法实际使用，承包方可依据《民法典》第563条主张“因不可归责于双方的原因导致合同目的无法实现”，要求解除合同并索赔。
     

2. 商铺兴建程序违法但未被行政机关认定为必须拆除

   • 若商铺存在程序瑕疵（如未完成竣工验收），但可通过补办手续合法化，承包方有权要求出租方限期整改。若出租方拒不整改，承包方可依据《民法典》第577条主张违约责任，要求减少租金、延长承包期或解除合同。
     
   • 需注意：若承包方在签订合同时明知商铺违法仍继续承包，可能被认定为“恶意串通”，需承担部分过错责任，赔偿金额可能相应减少。
     

3. 承包合同中未明确商铺合法性条款

   • 根据《民法典》第509条，当事人应遵循诚信原则履行合同。若商铺违法导致承包方遭受行政处罚（如罚款、停业整顿），承包方可主张出租方未履行“提供合法经营场所”的附随义务，要求出租方承担赔偿责任。
     
   • 示例：若商铺因无消防许可被查封，承包方因停业产生的员工工资、货物损耗等直接损失，可要求出租方赔偿。
     

行动建议：

• 立即固定证据：保存承包合同、付款凭证、商铺违法证明（如行政处罚决定书）、损失清单（如装修发票、停业期间收入证明）；
  
• 书面催告出租方：要求限期整改或解除合同，并明确赔偿要求；
  
• 协商或诉讼：若出租方拒绝，可向法院起诉主张合同无效/解除，并要求返还财产、赔偿损失。
  

风险提示：若承包方在合同履行过程中参与商铺违法建设（如提供资金、协助施工），可能被认定为共同违法，面临行政处罚或刑事责任，需谨慎处理。

如有具体合同条款或行政处罚文件，可进一步提供细节，我将针对性分析。