合作协议书合同中由一方出资是合法的，但具体合法性需结合合同内容、双方约定及法律规定综合判断。以下从不同角度为你详细分析：

合同内容合法性角度

1. 出资条款本身合法性：在合作协议书合同中，约定一方出资是常见的合作模式。只要该出资条款不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就是合法的。例如，双方约定一方出资购买设备用于合作项目，这种出资行为本身是合法的。
2. 出资方式合法性：出资方式可以包括货币、实物、知识产权、土地使用权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产。只要出资方式符合法律规定，就是合法的。比如，一方以专利技术出资，只要该专利技术是合法有效的，且双方对出资价值达成一致，这种出资方式就是合法的。

双方约定角度

1. 自愿原则：合作协议书合同是双方自愿签订的，只要双方在签订合同时意思表示真实，不存在欺诈、胁迫等情形，那么一方出资的约定就是有效的。例如，双方经过充分协商，一方愿意出资，另一方愿意提供其他资源或服务，这种约定是受法律保护的。
2. 公平原则：虽然一方出资，但合同中应明确双方的权利和义务，确保合同内容公平合理。如果一方出资过多，而另一方几乎不承担任何义务，这种合同可能因显失公平而被撤销或变更。比如，一方出资全部资金，另一方仅提供名义上的合作，却不承担任何风险和责任，这种约定可能因不公平而不被法律认可。

法律规定角度

1. 《民法典》相关规定：根据《民法典》的规定，民事主体从事民事活动，应当遵循自愿、公平、诚信等原则。在合作协议书合同中，一方出资的约定应符合这些原则。同时，《民法典》也规定了合同无效的情形，如一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益；恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益等。如果一方出资的约定存在这些情形，那么该约定是无效的。
2. 特定行业规定：在某些特定行业，如金融、证券等，对出资可能有更严格的规定。如果合作协议书合同涉及这些行业，那么一方出资的约定应符合相关行业规定。例如，在金融行业，对出资人的资质、出资比例等可能有特定要求，如果违反这些要求，那么出资约定可能无效。

法律后果角度

1. 合同有效情形：如果合作协议书合同中一方出资的约定合法有效，那么双方应按照合同约定履行各自的义务。如果一方不履行出资义务，另一方有权要求其承担违约责任，如支付违约金、赔偿损失等。
2. 合同无效或可撤销情形：如果合作协议书合同中一方出资的约定存在无效或可撤销的情形，那么该约定自始没有法律约束力。双方应恢复原状，即返还已出资的财产或折价补偿。如果因一方过错导致合同无效或被撤销，那么过错方应承担相应的赔偿责任。

建议：在签订合作协议书合同时，双方应充分协商，明确出资方式、出资比例、权利义务等条款，并确保合同内容合法合规。如果有任何疑问或不确定的地方，可以向我咨询，我会为你提供专业的法律意见。