虚开发票注册公司的行为属于严重的违法行为，相关责任人将面临刑事处罚、行政处罚以及民事赔偿等多重法律后果。具体处理方式如下：

1. 刑事处罚
   根据《中华人民共和国刑法》第二百零五条，虚开发票（包括增值税专用发票、普通发票等）可能构成“虚开发票罪”或“虚开增值税专用发票罪”。若行为人通过虚开发票注册公司，可能同时涉及“虚报注册资本罪”或“虚假出资、抽逃出资罪”（若公司成立后抽逃出资）。

   • 量刑标准：
     
     • 虚开发票情节严重的，处二年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金；
       
     • 虚开增值税专用发票或用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票，数额较大或有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；
       
     • 数额巨大或有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或无期徒刑，并处罚金或没收财产。
       
   • 特殊情形：若虚开发票行为与注册公司结合，目的是骗取银行贷款、逃避税收等，可能同时构成其他犯罪（如贷款诈骗罪、逃税罪），需数罪并罚。

2. 行政处罚
   即使未达到刑事立案标准，税务机关或市场监管部门仍可对虚开发票注册公司的行为进行行政处罚：

   • 税务处罚：根据《中华人民共和国发票管理办法》，虚开发票的，由税务机关没收违法所得，并处以罚款（最高可达50万元）；情节严重的，吊销发票领购资格或营业执照。
     
   • 市场监管处罚：若注册公司时提交虚假材料（如虚开发票作为出资证明），市场监管部门可撤销公司登记，并对责任人处以罚款（最高可达50万元）。

3. 民事赔偿
   若虚开发票注册公司的行为导致他人损失（如合作伙伴因公司虚假资质受损），相关责任人需承担民事赔偿责任。例如，公司股东若未实际出资，需在未出资本息范围内对公司债务不能清偿的部分承担补充赔偿责任。

4. 信用惩戒
   根据《企业信息公示暂行条例》，虚开发票注册公司的行为将被记入企业信用档案，并通过国家企业信用信息公示系统向社会公示。责任人可能被列入“严重违法失信企业名单”，面临限制高消费、禁止担任企业高管等信用惩戒措施。

建议：若您或他人涉及此类行为，应立即停止违法活动，主动向税务机关或公安机关投案自首，争取从轻或减轻处罚。同时，可委托律师协助处理后续法律程序，最大限度维护合法权益。如有具体问题，可直接向我咨询。