合作建房因违建被拆，合作方投入的资金能否追回及如何处理，需分情况讨论，核心结论如下：

1. 若违建责任在某一方（如一方擅自改变规划、未办理合法手续），则该方需对合作方的损失承担主要赔偿责任

   • 根据《民法典》第577条（合同违约责任）及第1165条（过错侵权责任），若因一方过错导致房屋被认定为违建并被拆除，过错方需赔偿合作方因此遭受的直接经济损失（如建房投入、材料费、人工费等）。
     
   • 操作建议：合作方应保留所有投入凭证（如转账记录、合同、收据等），通过协商或诉讼要求过错方赔偿。若协商不成，可向法院起诉，主张“合同目的无法实现”要求解除合作协议并返还投资款。
     

2. 若双方均有过错（如明知未办证仍合作建房），则按过错比例分担损失

   • 根据《民法典》第157条（民事法律行为无效后果），若合作建房行为因违反法律强制性规定（如未取得建设工程规划许可证）被认定无效，双方需根据过错程度分担损失。
     
   • 操作建议：需举证证明双方的过错比例（如一方负责办证但未履行，另一方明知无证仍出资），法院可能按“共担风险”原则判决双方按比例返还剩余财产（如拆除后残值）。
     

3. 若房屋被拆后获得补偿，补偿款应按投资比例分配

   • 根据《民法典》第308条（按份共有），若合作建房前约定了投资比例及收益分配方式，补偿款应按约定分配；若无约定，则按实际出资比例分配。
     
   • 操作建议：合作方需提供投资证明（如银行流水、出资协议），若补偿款被一方独占，可起诉要求按比例分割。
     

关键提醒：

• 违建拆除后，土地使用权可能被收回，合作方无权主张土地价值补偿；
  
• 若涉及行政处罚（如罚款），过错方可能需单独承担；
  
• 诉讼时效为3年，自知道权利受损之日起算，建议尽快处理。
  

如有具体证据或协议，可进一步分析责任划分及赔偿方案。