农村房屋已经灭失的情况下，征地时是否需要签订协议，需分情况讨论：
若房屋灭失后土地权属仍明确，且征地涉及该土地：
- 需要签订协议。尽管房屋已灭失，但土地作为不动产，其权属可能仍归属于原房屋所有者或其继承人。在征地过程中，为了明确双方的权利义务，包括补偿标准、支付方式、土地交付时间等关键条款，应当签订征地补偿协议。这有助于保障被征地农民的合法权益，避免后续纠纷。
若房屋灭失且土地权属存在争议，或征地不涉及该土地（如仅征用房屋所在地的部分土地，而房屋灭失不影响土地整体使用）：
- 可能不需要直接针对该房屋签订协议，但需解决权属争议或明确征地范围。在土地权属存在争议的情况下，应先通过法律程序解决争议，明确土地权属。若征地不涉及该灭失房屋所占用的具体土地，或者征地行为对土地的整体使用无实质性影响，则可能不需要直接针对该房屋签订征地补偿协议。然而，这并不意味着可以忽视被征地农民的权益，相关部门仍需确保征地行为的合法性和合理性，并妥善处理与被征地农民的关系。
法律背景与建议：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》及相关规定，征地应当遵循公平、合理的原则，确保被征地农民的生活水平不降低、长远生计有保障。因此，在征地过程中，签订征地补偿协议是保障被征地农民权益的重要手段。
- 对于房屋已经灭失的情况，建议被征地农民及时与征地部门沟通，明确土地权属和征地范围。若土地权属明确且征地涉及该土地，应要求征地部门签订征地补偿协议，并仔细审查协议条款，确保自身权益得到充分保障。
- 若在征地过程中遇到任何问题或纠纷，建议及时咨询专业律师，通过法律途径维护自身合法权益。
可能的法律后果：
- 若未签订征地补偿协议且土地权属明确，被征地农民可能面临补偿不到位、权益受损的风险。
- 若土地权属存在争议且未得到妥善解决，可能导致征地行为受阻或引发更大的法律纠纷。
因此，在农村房屋已经灭失的情况下，征地时是否需要签订协议需根据具体情况判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。