在征收集体土地的过程中，确实需要与使用权人签订协议。这是确保各方权益的关键步骤，也是征收工作合法性和公正性的重要体现。

首先，要明确协议的签订主体。一方面，政府土地行政主管部门，如市、县级人民政府确定的房屋征收部门，是签订协议的一方。它们负责组织实施征收工作，并与被征收方进行协商和签订协议。另一方面，被征收方则包括村集体经济组织或村民委员会，以及土地承包经营权人和宅基地使用权人等。村集体经济组织或村民委员会代表集体行使土地所有权，而土地承包经营权人和宅基地使用权人则分别代表其承包的土地和使用的宅基地的权益。

在签订协议前，还需要进行一系列的准备工作。被征地农村集体经济组织、农村村民或其他权利人应当对拟征土地的权属、种类、面积以及地上附着物的权属、种类、数量等进行确认，并在调查结果上签字或盖章。这一步骤是确保征收过程透明、公正的重要前提。

协议的内容应明确征收的范围、补偿标准、安置方式等重要事项。征收方应按照法律规定的程序和标准进行补偿，确保被征收人的合法权益得到保障。同时，被征收人也有权对协议内容进行审查和协商，如有异议可通过合法途径解决。

如果在协议签订过程中或签订后出现异议，政府部门和被征地农民等权利人应及时进行核实和处理，以避免潜在的纠纷和矛盾。

总的来说，征收集体土地协议的签订是一项严肃的法律行为，必须严格遵守相关法律法规和政策规定。只有确保各方主体的合法权益得到充分尊重和保障，才能推动征收工作的顺利进行，并维护社会的和谐稳定。因此，在征收村集体土地时，与使用权人签订协议是必不可少的环节。