中标后被质疑项目经理在建，确实可能会面临处罚。这一问题的处理需结合相关法律法规、招标文件规定以及项目实际情况进行综合分析。以下是从不同角度对此问题的详细解答：
一、法律法规层面
违反招标投标法规定：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》及相关实施条例，若招标文件明确要求项目经理在投标时不得有在建项目，而中标人违反此规定，则可能构成违法行为。
- 违法行为可能导致中标无效，同时中标人还可能面临罚款、限制参与招投标活动等行政处罚。例如，某公司因承诺参与投标的项目经理在其他在建项目担任项目经理，被处以中标项目合同金额千分之五的罚款，并对相关责任人员处以罚款。
合同违约责任：
- 中标合同中通常会明确项目经理的任职资格、职责及违约责任等条款。若项目经理在建项目违反合同约定，中标人可能需承担违约责任，包括赔偿招标人因此遭受的损失。
二、招标人处理措施
调查核实：
- 招标人在收到关于项目经理在建项目的质疑后，应首先进行详细调查，核实质疑的真实性及其对本项目的影响。这包括向相关项目业主、建设管理部门核实项目经理的任职情况。
后续行动决策：
- 若在建项目对本项目实施构成重大不利影响，招标人可依据招标文件及法律法规取消中标资格，没收投标保证金，并依次确定下一名中标候选人或重新组织招标。
- 若中标人能证明在建项目无实质性影响且获招标人认可，招标人可能允许中标人继续履行合同，但需采取保障措施，如增加项目管理团队关键人员，以确保项目顺利实施。
三、对项目实施的影响及风险
进度与质量风险：
- 项目经理同时负责多个项目可能导致精力分散，增加项目进度拖延和质量事故的风险。这将对项目实施产生不利影响，甚至可能导致项目失败。
法律责任：
- 若因项目经理在建项目导致无法按时履行合同或造成质量问题，中标人可能需承担违约责任及相应法律后果。这包括赔偿招标人因此遭受的损失，以及可能面临的行政处罚。
四、应对策略与建议
立即核实与评估：
- 中标后应立即核实项目经理是否存在在建项目，并评估其对本项目的影响。这有助于及时发现问题并采取措施进行应对。
积极沟通与协商：
- 与招标方保持密切沟通，共同探讨解决方案。如更换项目经理、调整项目计划等，以确保项目顺利实施。
审查合同条款与法律咨询：
- 仔细审查合同条款，明确双方权利义务。必要时咨询专业法律顾问或律师，获取具体、专业的建议和指导。这有助于中标人更好地了解自身法律地位和责任，以及可能面临的法律风险。
制定应急预案：
- 提前评估可能面临的法律风险，制定相应的应急预案和应对策略。这有助于中标人在面临突发情况时迅速作出反应，降低损失和风险。
总结与建议：中标后被质疑项目经理在建是一个复杂且敏感的问题。中标人应严格遵守相关法律法规和招标文件规定，确保项目经理的任职资格符合要求。如面临质疑或处罚，应积极与招标方沟通协商，寻求合理解决方案。同时，中标人还应加强项目管理，确保项目顺利实施并降低法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。