拿了别人手机后归还并与对方协商好赔偿，不一定会因此留下案底。以下是对此问题的详细分析：
一. 案底的形成条件
- 案底定义：案底，即刑事犯罪记录，是指个人因犯罪行为被法院判决有罪后，在公安机关、检察机关或法院等司法机关留下的记录。
- 形成条件：案底的形成需满足两个条件：一是行为构成犯罪；二是该犯罪行为经过法院判决并确定有罪。
二. 拿手机行为的法律性质
- 盗窃罪的构成：根据《中华人民共和国刑法》第二百六十四条，盗窃罪是指以非法占有为目的，秘密窃取数额较大的公私财物或者多次秘密窃取公私财物的行为。如果未经允许擅自拿取他人手机，且手机价值达到一定数额（通常各地有不同的立案标准，但一般超过一千元即可视为数额较大），则可能构成盗窃罪。
- 行为的性质转化：在拿了手机后主动归还，并与对方协商好赔偿，这一行为可能被视为悔过表现。然而，悔过表现并不能改变行为本身的性质，即该行为在发生时是否构成犯罪。
三. 案底的可能性分析
不构成犯罪的情况：
- 如果手机价值未达到盗窃罪的立案标准，或者存在其他不构成犯罪的情形（如误拿、及时归还等），则不会因该行为留下案底。
构成犯罪但可能不留案底的情况：
- 如果行为构成盗窃罪，但犯罪情节轻微，如系初犯、偶犯，且主动归还手机、积极赔偿并取得被害人谅解，根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，法院在判决时可能会考虑从轻或减轻处罚，甚至可能判处缓刑。对于被判处缓刑的犯罪分子，在缓刑考验期限内，依法实行社区矫正，如果没有《中华人民共和国刑法》第七十七条规定的情形，缓刑考验期满，原判的刑罚就不再执行，此时也可能不会留下案底（但需注意，这并非绝对，因为案底的形成还取决于司法机关的具体记录和查询方式）。
构成犯罪并可能留下案底的情况：
- 如果行为构成盗窃罪，且犯罪情节较重，如多次盗窃、入户盗窃等，即使后来归还手机并赔偿，也可能被法院判处有期徒刑等实刑，此时就会留下案底。
我建议：在发生此类情况后，应尽快与对方协商解决赔偿事宜，并主动向公安机关投案自首，如实供述自己的行为。同时，可以积极寻求律师的帮助，以便更好地了解自己的法律权益和可能的法律后果。如有进一步需要，您可以继续咨询我。