在物资采购合同中，履约保证金和质保金是可以一起收取的，但具体操作需遵循相关法律法规及合同约定，并确保合法合规。以下是对这两种保证金的详细解析及综合注意事项：
一、履约保证金
定义与目的：
- 履约保证金是供应商为确保按照合同约定履行义务而提供的一种金钱担保。
- 其主要目的是降低采购方因供应商违约而遭受的风险。
收取与退还：
- 收取标准：通常根据合同金额、项目风险、供应商信誉等因素确定，且不得超过政府采购合同金额的10%（对于政府采购项目）。
- 提交方式：可以以支票、汇票、本票或者金融机构、担保机构出具的保函等非现金形式提交，银行保函是最常见且被广泛接受的形式。
- 退还时间：一般按照合同约定执行，通常在中标人完全履行完合同义务，经验收合格后的一定时间内（如30天内）退还。
没收或扣除情形：
- 若供应商不履行合同，履约保证金不予退还。
- 若给招标人造成的损失超过履约保证金数额，还应对超过部分予以赔偿。
二、质量保证金
定义与目的：
- 质量保证金是供应商为确保其提供的产品或服务符合合同约定的质量标准而提供的一种金钱担保。
- 其旨在激励供应商提高产品质量和服务水平，同时降低采购方的质量风险。
收取与退还：
- 收取标准：通常在合同签订时或产品交付前进行，总预留比例不得高于工程价款结算总额的3%（对于建设工程领域，其他采购项目可参考此比例或根据实际情况约定）。
- 退还时间：根据合同约定和质保期的相关规定执行，质保期内若无质量问题，质保期届满后（如15个工作日内）退还。
扣除情形：
- 质保期内若出现质量问题，采购方可按合同约定扣除相应的质量保证金用于维修或赔偿损失。
- 扣除金额应与实际损失相当，并及时通知供应商。
三、综合注意事项
合法合规性：
- 采购方在收取履约保证金和质量保证金时，应确保符合相关法律法规和政策规定，避免违规操作。
合同约定：
- 双方应在合同中明确约定保证金的具体金额、提交方式、退还条件、扣除规则及质保期限等关键条款，以避免后续争议。
争议解决：
- 如遇争议，双方应首先通过友好协商解决；协商不成时，可依法向有管辖权的法院提起诉讼或申请仲裁。
综上所述，履约保证金和质量保证金在物资采购合同中可以一起收取，但双方应谨慎处理这两种保证金的相关事宜，确保合同的顺利执行和双方的合法权益。通过明确约定保证金的相关条款，可以有效降低采购方的风险，并激励供应商更好地履行合同义务和提高产品质量。