履约保证金和质保金可以一起收取，但一般不应同时扣除，具体分析如下：
一、可以一起收取的依据与合理性
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同当事人可以在合同中约定违约金、履约保证金等条款来保障合同的履行。同时，《建设工程质量保证金管理办法》等法规也对质保金的相关事宜进行了规定。法律法规并未明确禁止履约保证金与质保金的同时约定使用。
性质与目的：
- 履约保证金：是合同当事人一方（通常为承包人或中标人）为担保合同的全面履行，而给付另一方（通常为发包人或招标人）一定的金钱或其他形式的担保。其目的在于促使承包人严格履行合同义务，确保工期和质量符合合同约定。
- 质保金：是从应付的工程款中预留的一部分款项，用以维修工程在保修期限和保修范围内出现的质量缺陷。它更多地作为一种约束工程质量的手段，确保承包人在质保期内对工程质量问题承担维修、更换等责任。
- 两者在性质、目的和法律依据上各有侧重，但并不相互排斥，反而相辅相成，共同构成合同履行的保障体系。
收取方式：
- 履约保证金通常在合同签订前或合同履行初期收取，作为合同履行的一种担保。
- 质保金则是在工程竣工验收合格后，从工程款中预留的一部分资金。
二、一般不应同时扣除的原因
功能与作用差异：
- 履约保证金侧重于担保合同的履行，确保承包人按约履行义务。
- 质保金则侧重于保障工程质量，确保保修期内的问题得到及时解决。
- 两者在合同履行过程中各自具有独立的性质和功能，因此一般不应同时被扣除。
合同约定与法律原则：
- 若合同中明确约定了在特定情形下（如承包人严重违约且工程存在重大质量问题），履约保证金和质保金可以同时扣除，该约定通常有效。但此约定必须遵循公平、合理、合法的原则，扣除金额不得明显过高，超过实际损失。
- 在没有明确合同约定或约定不合法的情况下，应遵循相关法律法规进行裁决，避免不必要的法律纠纷。
三、实际操作中的建议
明确约定：
- 在签订合同时，双方应明确履约保证金和质保金的具体数额、扣除条件及退还方式。
- 条款约定要清晰明确，防止因理解歧义引发纠纷。
合理设定金额：
- 金额设定要合理，避免过高给一方造成过重负担。
- 应遵循公平原则，确保双方权益得到平衡保护。
遵循法律法规：
- 在处理履约保证金和质保金问题时，应秉持公平、合理、合法的原则。
- 若发生争议，应首先依据合同约定进行处理；若合同无明确约定或约定不合法，则应遵循相关法律法规进行裁决。
总结：履约保证金和质保金可以一起收取，以更全面地保障合同的履行和工程质量。但在合同履行过程中，它们一般不应同时被扣除，除非合同中有明确且合法的约定。在实际操作中，双方应明确约定相关条款，并遵循公平、合理、合法的原则进行处理。