行政机关对被抓的烟草专卖零售许可证持证人的许可证处理方式，需根据持证人是否构成犯罪及具体违法情形，分情况处理：

1. 若持证人因涉烟违法行为构成犯罪：

   • 刑事责任与行政处罚的衔接：根据《烟草专卖法》第四十一条及《行政处罚法》第三十五条，若持证人因非法经营烟草制品、销售伪劣烟草制品等行为被追究刑事责任，行政机关（烟草专卖局）应当依法吊销其烟草专卖零售许可证。吊销属于行政处罚中最严厉的种类，直接剥夺持证人的经营资格。
   • 程序要求：吊销许可证需遵循法定程序，包括立案调查、告知陈述申辩权、举行听证（若持证人申请）、作出书面决定并送达。若持证人已被刑事羁押，行政机关可通过公告方式送达法律文书。

2. 若持证人未构成犯罪，但存在一般违法行为：

   • 行政处罚的种类：根据《烟草专卖法实施条例》第五十七条，若持证人存在未在当地烟草专卖批发企业进货、销售非法生产的烟草制品等行为，行政机关可处以罚款、没收违法所得、责令暂停烟草专卖业务、进行整顿等处罚。是否吊销许可证需结合违法情节严重性判断，例如：
     • 首次违法且情节轻微：可能仅罚款或整顿；
     • 多次违法或情节严重（如销售假烟数额较大）：可能吊销许可证。
   • 程序要求：行政机关需依法调查取证，确保处罚决定与违法事实、性质、情节及社会危害程度相当。

3. 若持证人因非涉烟原因被抓（如其他刑事犯罪）：

   • 许可证的暂存或处理：若持证人因其他犯罪被羁押，行政机关通常不会直接吊销许可证，但可能根据《烟草专卖许可证管理办法》第四十八条，因持证人停止经营业务六个月以上不办理停业手续，或停业期满未申请恢复营业，收回许可证。若持证人后续无法继续经营，可依法办理注销手续。

建议：若您或他人涉及此类情况，需结合具体违法事实、行政机关的处罚决定书内容，进一步分析许可证处理的合法性及救济途径（如行政复议或诉讼）。如有疑问，可直接向我咨询，我将结合案例与法规提供详细解答。