针对您提出的“商铺双合同发生纠纷怎么办”的问题，这是一个涉及法律程序和权益维护的重要议题。以下是我为您整理的详细处理流程和建议：

一、审视合同条款，明确纠纷焦点

首先，您需要仔细审查两份商铺合同（假设为租赁合同与买卖合同或其他相关合同）的具体内容，特别是关于双方权利义务、违约责任、争议解决方式等关键条款。通过梳理合同，您可以明确纠纷的具体焦点，比如是租金支付问题、合同履行问题还是其他违约行为。

二、收集并整理相关证据

在明确纠纷焦点后，您需要开始收集并整理与纠纷相关的所有证据。这些证据可能包括：

• 合同文本：作为确定双方权利义务的基础文件，必须妥善保存。
• 沟通记录：如微信聊天记录、电子邮件、短信等，以证明双方的协商情况和变更内容。
• 付款凭证：如转账记录、收据等，用于证明租金、押金或其他款项的支付情况。
• 现场照片或视频：若纠纷涉及商铺实际状况，如房屋损坏、装修情况等，这些直观证据将非常有用。
• 证人证言：了解纠纷情况的证人可以提供有价值的证词。

三、尝试协商解决

在收集完证据后，您可以尝试与对方进行协商解决。协商是解决商铺合同纠纷的首选方式，因为它具有高效、经济、灵活的特点。在协商过程中，您应：

• 主动沟通：以理性、平和的态度与对方取得联系，表达希望通过协商解决纠纷的意愿。
• 明确诉求与理由：清晰阐述自己的诉求，并结合合同条款和相关证据说明理由。同时，倾听对方的意见，了解其立场。
• 寻求解决方案：双方共同探讨可能的解决方案，并尝试达成一致。例如，调整租金标准、确定维修责任和时间安排等。
• 签订书面协议：若协商一致，应签订书面协议，明确协商结果，以避免后续纠纷。

四、申请第三方调解

如果协商无果，您可以考虑申请第三方调解。调解在中立第三方介入下进行，有助于缓和矛盾，提高解决成功率。您可以选择：

• 人民调解委员会调解：向当地人民调解委员会提出申请，由专业调解员提供建议和解决方案。
• 行业协会调解：若商铺属于特定行业，可向行业协会申请调解，其提出的方案可能更符合行业惯例。

五、申请仲裁或提起诉讼

如果调解仍然无法解决问题，您可以根据合同中的仲裁条款申请仲裁，或者直接向法院提起诉讼。

仲裁解决

• 前提条件：合同中需有仲裁条款或纠纷发生后双方达成仲裁协议。
• 程序：按照仲裁协议的约定，向选定仲裁机构提交申请书及相关证据，经过审理后作出裁决。仲裁裁决具有终局性，对双方均有约束力。

诉讼解决

• 确定管辖法院：根据《民事诉讼法》规定，由被告住所地或合同履行地人民法院管辖，或按合同约定确定。
• 准备诉讼材料：包括起诉状、证据材料等，确保内容完整、真实。
• 立案：将诉讼材料提交给有管辖权的法院，经审查符合立案条件后予以立案。
• 审理和判决：法院安排开庭审理，双方进行陈述、举证、质证和辩论，法院依法作出判决。对一审判决不服的，可提起上诉。

六、咨询专业律师

在整个处理过程中，我建议您咨询专业律师以获取更具体的法律意见和指导。律师可以根据您的具体情况，提供针对性的法律建议，帮助您更好地维护自身权益。

综上所述，处理商铺双合同纠纷应遵循从协商到调解、仲裁再到诉讼的逐步递进原则。在每个阶段都应充分利用法律手段维护自身权益，并确保所有行动都符合法律法规的要求。希望这些建议能对您有所帮助。