针对您提出的“擅自设立内设科室怎么处罚”的问题，以下是根据相关法规和政策进行的详细解答：

一、法规依据

首先，我们需要明确的是，擅自设立内设科室是违反机构编制管理规定的。这一行为主要违反了《中国共产党机构编制工作条例》中的相关规定，特别是第二十六条，该条明确规定：“严禁擅自设立、撤销、合并机构”。

二、处罚措施

对于擅自设立内设科室的行为，机构编制管理部门有权采取一系列处理措施。这些措施包括但不限于：

1. 通报批评：对违规单位进行公开批评，以警示其他单位。
2. 责令限期纠正：要求违规单位在规定时间内撤销擅自设立的内设科室，恢复原状。
3. 予以纠正：如果违规单位未在规定时间内自行纠正，机构编制管理部门将直接介入，进行强制纠正。

三、对责任人的处理

除了对违规单位进行处理外，对有关责任人也可以采取以下处理措施：

1. 约谈：与责任人进行面对面谈话，指出其违规行为及后果。
2. 责令说明情况：要求责任人书面或口头说明擅自设立内设科室的原因、过程及影响。
3. 下达告诫书：向责任人发出正式告诫，明确其违规行为的严重性及后续可能面临的更严厉处罚。

四、严重后果

如果擅自设立内设科室的行为造成了不良影响或严重后果，根据《中国共产党纪律处分条例》第一百三十四条，对直接责任者和领导责任者，还可能给予警告、严重警告、撤销党内职务、留党察看甚至开除党籍的处分。

五、实际案例

以A市某局为例，该局在没有与机构编制部门进行沟通和报批的情况下，擅自设立了“城市公共交通稽查科”。事后，A市委编办知悉情况后，立即进行调查，并确认该行为属实。根据相关规定，A市委编办决定责令其限期纠正擅自设立内设机构的违规违纪违法行为。

六、建议与总结

为了避免类似违规行为的发生，建议各单位严格遵守机构编制管理规定，凡涉及职能调整和机构、编制、领导职数等机构编制事项，只能由机构编制部门专项办理，并按程序报编委审批决定。

综上所述，擅自设立内设科室是违反机构编制管理规定的，机构编制管理部门有权采取一系列处理措施，并对有关责任人进行相应处理。如果造成严重后果，还可能面临更严厉的纪律处分。因此，各单位应严格遵守相关规定，确保机构编制的合法性和规范性。