公司收购后补充协议通常是和收购方签订的，但具体情况还需根据收购协议的内容、收购方式以及双方协商的结果来确定。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、补充协议的基本性质
补充协议是对原合同（在此场景下为收购协议）的补充或修改，它通常用于明确原合同中未尽事宜或对原合同中的某些条款进行变更。在收购交易中，补充协议可能涉及收购价格的调整、支付方式的变更、收购后公司治理结构的安排、员工安置问题等多个方面。
二、补充协议的签订方
与收购方签订：
- 在大多数情况下，补充协议是由被收购方与收购方签订的。这是因为收购协议本身就是由这两方签订的，补充协议作为收购协议的延伸，自然也应由这两方来协商和签订。
- 例如，如果收购协议中约定了收购价格，但后续由于某些原因（如目标公司资产评估结果的变化）需要调整收购价格，那么双方就可以通过签订补充协议来明确新的收购价格。
与其他相关方签订：
- 虽然不常见，但在某些特殊情况下，补充协议也可能涉及其他相关方。例如，如果收购交易涉及到了目标公司的债权人或股东，且这些债权人的权益或股东的权益在收购过程中受到了影响，那么被收购方和收购方可能还需要与这些债权人或股东签订补充协议，以明确各自的权益和义务。
- 然而，这种情况相对较少见，且通常会在收购协议中提前进行约定或安排。
三、签订补充协议的注意事项
明确补充协议的内容：
- 在签订补充协议前，双方应明确补充协议的具体内容，包括需要补充或修改的条款、变更的原因和依据等。
- 补充协议的内容应具体、明确，避免出现模糊或歧义的表述。
遵循法律法规和收购协议的约定：
- 签订补充协议应遵循相关法律法规的规定，不得违反法律、行政法规的强制性规定。
- 同时，补充协议的内容也不得与收购协议中的约定相冲突或矛盾。
确保双方协商一致：
- 补充协议的签订应基于双方协商一致的原则，任何一方不得强迫或胁迫另一方签订补充协议。
- 在协商过程中，双方应充分沟通、交流意见，以达成共识。
四、法律后果
如果双方未能就补充协议的内容达成一致，或者补充协议的内容违反了法律法规或收购协议的约定，那么可能会导致补充协议无效或无法履行。在这种情况下，双方可能需要通过法律途径来解决争议，如提起诉讼或申请仲裁等。
建议：在签订补充协议前，双方应充分沟通、协商，并明确补充协议的具体内容和法律后果。如果有任何疑问或不确定的地方，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。