被吸收合并的公司尚在履行中的合同，是可以签订补充协议的。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律层面分析
合同主体变更不影响合同效力：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同生效后，当事人不得因姓名、名称的变更或者法定代表人、负责人、承办人的变动而不履行合同义务。被吸收合并的公司，其合同权利义务通常由合并后存续的公司或新设的公司承继。因此，合同主体的变更并不影响原合同的效力，也不妨碍双方就原合同内容签订补充协议。
补充协议的法律性质：
- 补充协议是对原合同的补充或变更，它同样受到法律的保护。只要补充协议的内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，且是双方真实意思的表示，那么该补充协议就是有效的。
二、实际操作层面分析
合并方与合同相对方的协商：
- 在实际操作中，合并方（即吸收合并后的公司）需要与合同相对方进行协商，就补充协议的内容达成一致。这包括但不限于合同履行方式的变更、合同期限的延长、合同价款的调整等。
补充协议的签订程序：
- 补充协议的签订程序应与原合同的签订程序相同，即需要双方当事人签字或盖章确认。对于涉及重大事项变更的补充协议，可能还需要经过公司内部的审批程序，如董事会决议、股东会决议等。
三、可能面临的法律风险及防范
合同相对方不同意签订补充协议：
- 如果合同相对方不同意签订补充协议，合并方应尊重对方的意愿，并继续按照原合同的约定履行义务。此时，合并方可以通过与对方协商、提供额外补偿等方式，争取达成补充协议。
补充协议内容违法或违背公序良俗：
- 合并方在签订补充协议时，应确保协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。否则，该补充协议可能被认定为无效，从而给合并方带来法律风险。
四、建议与总结
- 建议：在签订补充协议前，合并方应充分了解合同相对方的意愿和需求，确保补充协议的内容合法、合规且双方都能接受。同时，合并方还应咨询专业律师的意见，以确保补充协议的法律效力。
- 总结：被吸收合并的公司尚在履行中的合同是可以签订补充协议的。但在签订过程中，合并方应遵守相关法律法规的规定，确保补充协议的内容合法、合规，并充分尊重合同相对方的意愿和需求。
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