五年过户的协议是有效的。具体分析如下：

一. 协议的有效性

• 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，自成立时生效，未办理物权登记的，不影响合同效力。这意味着，即使双方在协议中约定了五年后才办理过户，该协议仍然从成立时起就具有法律效力。
• 例如，如果甲乙双方在协议中明确约定，五年后甲方将某房产过户给乙方，那么这份协议在双方签字盖章后即刻生效，尽管过户行为将在五年后发生。

二. 物权变动与合同效力的区别

• 根据《中华人民共和国城市房地产管理法》的规定，不动产物权的变动需要依法进行登记，只有在记载于不动产登记簿时，物权变动才发生法律效力。因此，虽然五年过户的协议有效，但在未办理过户登记前，乙方并不能取得房产的物权。
• 换句话说，协议的有效性和物权的变动是两个独立的概念。协议的有效性决定了双方的权利义务关系，而物权的变动则决定了房产的归属。

三. 协议履行的注意事项

• 鉴于五年过户的协议有效期较长，双方应妥善保管好协议原件，并确保协议内容的真实性和合法性。
• 在协议履行过程中，如遇到任何争议或问题，双方应及时沟通协商，必要时可寻求法律途径解决。

综上所述，五年过户的协议是有效的，但在未办理过户登记前，乙方不能取得房产的物权。双方应严格按照协议约定履行各自的权利义务，并在必要时寻求法律帮助。如有进一步需要，您可以继续咨询我。