公司垫付医药费可以作为证据，且这种行为是合法的。以下从不同角度为您详细分析：

证据效力角度

1. 书证性质：公司垫付医药费的凭证，如转账记录、收据、发票等，属于书证范畴。这些书面材料能够直接证明公司为劳动者垫付了医药费的事实，具有客观性和真实性。
2. 关联性证明：在劳动工伤案件中，公司垫付医药费的行为往往与工伤事故的发生、劳动者的受伤情况以及公司的责任承担等紧密相关。因此，这些凭证可以作为证明工伤事实、公司责任以及劳动者损失的重要证据。

合法性角度

1. 无违法性：公司垫付医药费的行为本身并不违反任何法律法规。相反，它体现了公司对劳动者的关怀和责任担当，有助于维护劳动关系的和谐稳定。
2. 后续处理合法性：即使公司垫付了医药费，也并不意味着其放弃了追究工伤责任或要求劳动者返还垫付费用的权利。在后续处理中，公司可以根据实际情况和法律规定，与劳动者协商或通过法律途径解决相关问题。这种处理方式同样具有合法性。

实际应用建议

1. 保留凭证：无论是公司还是劳动者，都应妥善保留垫付医药费的凭证，如转账记录、收据、发票等。这些凭证在后续处理中可能起到关键作用。
2. 及时沟通：在垫付医药费后，公司应与劳动者及时沟通，明确垫付的性质、金额以及后续处理方式等。这有助于避免误解和纠纷的发生。
3. 依法处理：如果后续需要就垫付医药费的问题进行协商或诉讼，双方应依法进行，尊重对方的权益，寻求合理的解决方案。

举例说明：假设某公司员工在工作过程中受伤，公司及时垫付了医药费。在后续处理中，公司可以凭借垫付凭证向工伤保险机构申请报销，或者与劳动者协商分担费用。如果劳动者拒绝分担或工伤保险机构不予报销，公司可以通过法律途径解决争议。在这个过程中，垫付医药费的凭证就成为了关键证据。

综上所述，公司垫付医药费不仅可以作为证据使用，而且这种行为本身也是合法的。如果您在劳动工伤方面还有其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。