您好，关于您提出的“有原单位发的工作证和工会证是否可以证明劳动关系”的问题，这确实是一个涉及劳动关系认定的重要方面。
首先，我们需要明确的是，工作证和工会证作为能够证明劳动者身份的证件，在劳动关系认定中确实具有一定的参考价值。根据原劳动和社会保障部的相关规定，用人单位向劳动者发放的“工作证”“服务证”等能够证明身份的证件，是认定双方是否存在劳动关系时可参照的凭证之一。
然而，仅仅依靠工作证和工会证并不足以完全证明劳动关系的存在。劳动关系的认定是一个综合考量的过程，需要从多个方面进行审查。具体来说，包括但不限于以下几点：
劳动者是否由用人单位招用：这是劳动关系建立的基础，需要确认劳动者是否是通过用人单位的正规招聘流程被录用的。
劳动者是否在用人单位的管理、指挥与监督下提供劳动：这体现了劳动关系中的人身隶属性，即劳动者需要遵守用人单位的规章制度，并按照单位的要求在指定的时间、地点，按照指定的方式、形式提供劳动。
劳动者是否在用人单位的生产组织体系中从事劳动：这体现了劳动关系中的组织性，即劳动者从事的工作是否是用人单位的业务组成部分。
用人单位是否向劳动者支付劳动报酬：这是劳动关系中的财产隶属性体现，即劳动者在经济上是否依赖于用人单位。
在您提到的案例中，虽然劳动者提交了工作证等证据，但法院在审理时还综合考虑了其他因素，如双方是否签订了劳务协议、劳动者的工资支付方式、考勤记录等，最终根据双方提供的证据和举证责任分配原则作出了判断。
因此，工作证和工会证可以作为证明劳动关系存在的初步证据，但并不能单独作为认定劳动关系的唯一依据。在发生劳动关系争议时，建议您尽可能收集多方面的证据，如工资支付凭证、社保缴费记录、招用记录、考勤记录等，以更全面地证明您与用人单位之间的劳动关系。同时，如果遇到复杂的劳动关系认定问题，也可以寻求专业法律人士的帮助。