涉刑的非法捕捞案件中，生态修复补偿金一般由渔业行政主管部门或其指定的机构收取，具体分析如下：

1. 渔业行政主管部门主导
   根据《渔业法》及相关地方性法规，渔业行政主管部门（如农业农村局、海洋与渔业局）是水域生态保护的主要责任主体。在非法捕捞案件中，该部门通常负责制定生态修复方案，并监督补偿金的缴纳与使用。例如，若案件发生在内陆水域，可能由县级以上农业农村局负责；若涉及海洋，则可能由海洋与渔业局或其下属机构处理。

2. 法院指定或委托的第三方机构
   在刑事附带民事公益诉讼中，法院可能根据生态修复需求，指定具有资质的环保组织、科研机构或专业修复公司作为补偿金的管理方。此类机构需具备生态修复技术能力，并接受法院和行政主管部门的双重监督。例如，某地法院曾委托水产研究所评估修复方案，并由其监督补偿金用于人工鱼礁投放。

3. 地方财政专户（特定情形）
   部分地区可能将补偿金纳入地方财政生态补偿专项账户，由财政部门统一管理，但需符合《预算法》及地方财政规范。此类情形通常需以地方性法规或政府文件为依据，且资金使用需公开透明，接受审计监督。

实务建议：

• 若案件已进入刑事程序，可向办案机关（如公安局、检察院）申请查阅《生态修复方案》，其中会明确补偿金缴纳对象及金额计算依据。
  
• 补偿金标准通常结合非法捕捞工具、渔获物价值、水域生态损害程度等因素综合确定，需以专业评估报告为准。
  
• 对补偿金使用有异议的，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，要求公开资金流向及修复效果。
  

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