在连续工作50个小时后，又接到领导指派第二天早上继续工作的情形下，工伤认定可能不通过的情况主要包括以下几种：
非工作时间与工作岗位发病：
- 根据《工伤保险条例》的相关规定，工伤的认定通常要求事故或疾病发生在工作时间和工作岗位上。若员工在连续工作后，于非工作时间（如休息日、下班后）且非工作岗位上突发疾病或受伤，则通常不被认定为工伤。例如，员工在连续工作50小时后，回家休息时突发疾病，即使该疾病可能与长时间工作有关，但因未发生在工作时间和工作岗位上，故不构成工伤。
疾病或受伤与工作无直接因果关系：
- 工伤的认定还要求疾病或受伤与工作有直接的因果关系。若员工在连续工作后出现的疾病或受伤，经医学鉴定与工作无直接关联，如员工本身患有慢性疾病，在连续工作后因疾病发作而受伤或死亡，但该疾病并非由工作引起，则可能不被认定为工伤。
未及时报告或未提供充分证据：
- 员工在发生工伤事故或疑似工伤后，应及时向用人单位报告，并按照规定提供相关的医疗证明和其他证据。若员工未及时报告或未提供充分的证据来证明其疾病或受伤与工作有关，则可能导致工伤认定不通过。例如，员工在连续工作后受伤，但未及时就医或未保留相关医疗记录，导致在申请工伤认定时无法提供充分证据。
违反安全规定或操作程序：
- 若员工在连续工作过程中违反了安全规定或操作程序，导致自身受伤或患病，且该违规行为与受伤或患病有直接关联，则可能不被认定为工伤。因为工伤认定通常要求员工在遵守安全规定和操作程序的前提下发生事故或疾病。
针对您的情况，以下是一些法律建议：
- 及时报告并就医：若您在连续工作后出现身体不适或受伤，应及时向用人单位报告，并尽快就医治疗。同时，保留好相关的医疗记录和费用票据，以便在申请工伤认定时提供充分证据。
- 了解工伤认定流程：您应了解当地的工伤认定流程和所需材料，确保在申请时能够提供完整、准确的资料。这有助于加快工伤认定的进程，并提高认定的成功率。
- 寻求法律援助：若您在申请工伤认定过程中遇到困难或疑问，可以寻求专业的法律援助。律师可以为您提供法律咨询和代理服务，帮助您维护合法权益。
若工伤认定不通过，可能的法律后果包括：
- 无法享受工伤保险待遇：若工伤认定不通过，您将无法享受工伤保险提供的医疗费用报销、伤残津贴等福利待遇。
- 可能需要通过其他途径维权：若您认为自己的疾病或受伤与工作有关，但工伤认定不通过，您可能需要通过民事诉讼等途径来维护自己的权益。这可能需要您提供更多的证据来证明自己的主张。
总之，在连续工作后出现身体不适或受伤时，您应及时报告、就医并了解工伤认定流程。若遇到困难或疑问，可以寻求专业的法律援助。如有任何法律问题，可以直接向我咨询。